Dear Users,<br>
<br>
&nbsp;I have molecule types Ions and Sol in my system. Sol has 124 OX
atoms with residue name MY. Ions has 1 C atom with res name DP. My
index file [ Ions ] 1 and [ Sol ] 2 to 125.<br>
I use user defined potentials for Ions and Sol. I write energygrps =
Ions Sol and energygrp_table = Ions in my .mdp file. I am trying to
freeze Sol using freeze groups. Its a NVE simulation. I am not using
constraints. I am not using energygrp_excl. I am using 2 table files
table.xvg and table_Ions.xvg.<br>
<br>
&nbsp;I give the system an initial velocity at a temp of 90 K. Sol
should not move and it doesnt. However in my case Ions is not moving
too.<br>
<br>
&nbsp;Any clue why is this happening? Have I used wrong group names in
any of the files? Could something be wrong with my potential table
files? Any sort of help is welcome.<br>
<br>
&nbsp;Thanks in advance.<br>
<br>
&nbsp;Karamyog Singh,<br>
&nbsp;Undergraduate student,<br>
&nbsp;IIT Kharagpur,<br>
&nbsp;India.<br>
<br>
&nbsp;My out.gro file looks like this: <br>
<br>
<br>
What is wrong<br>
&nbsp; 125<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1DP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 12.000&nbsp; 12.000&nbsp;&nbsp; 6.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;
6.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 12.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 18.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 24.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 6.000&nbsp;&nbsp;
0.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 6.000&nbsp;&nbsp;
6.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 6.000&nbsp; 12.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 6.000&nbsp; 18.000<br>
...............................<br>
<br>
<br>
&nbsp;My index.ndx file is like this:<br>
<br>
[ Ions ]<br>
&nbsp;&nbsp; 1<br>
<br>
[ Sol ]<br>
&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;
7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;
11&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;
15&nbsp;&nbsp; 16<br>
&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;
25&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;
29&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 31<br>
&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;
36&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;
44&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp; 46<br>
&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;
51&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp; 53&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;
55&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp; 57&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;
59&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp; 61<br>
&nbsp; 62&nbsp;&nbsp; 63&nbsp;&nbsp; 64&nbsp;&nbsp; 65&nbsp;&nbsp;
66&nbsp;&nbsp; 67&nbsp;&nbsp; 68&nbsp;&nbsp; 69&nbsp;&nbsp;
70&nbsp;&nbsp; 71&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp; 73&nbsp;&nbsp;
74&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp; 76<br>
&nbsp; 77&nbsp;&nbsp; 78&nbsp;&nbsp; 79&nbsp;&nbsp; 80&nbsp;&nbsp;
81&nbsp;&nbsp; 82&nbsp;&nbsp; 83&nbsp;&nbsp; 84&nbsp;&nbsp;
85&nbsp;&nbsp; 86&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;
89&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp; 91<br>
&nbsp; 92&nbsp;&nbsp; 93&nbsp;&nbsp; 94&nbsp;&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;
96&nbsp;&nbsp; 97&nbsp;&nbsp; 98&nbsp;&nbsp; 99&nbsp; 100&nbsp;
101&nbsp; 102&nbsp; 103&nbsp; 104&nbsp; 105&nbsp; 106<br>
&nbsp;107&nbsp; 108&nbsp; 109&nbsp; 110&nbsp; 111&nbsp; 112&nbsp;
113&nbsp; 114&nbsp; 115&nbsp; 116&nbsp; 117&nbsp; 118&nbsp; 119&nbsp;
120&nbsp; 121<br>
&nbsp;122&nbsp; 123&nbsp; 124&nbsp; 125<br>
<br>