<P>those are supposed to be in a parameters file. If not, look for some published paper about dynamics with a system that has those same atom sequences you listed. Maybe there's even a paper related you your actual research and it has the parameters you need.</P><P>==============Original message text===============<BR>On Tue, 11 Jul 2006 13:14:32 EDT "ARGYRIOS KARATRANTOS" wrote:<BR><BR>Hi all, <BR><BR>according to the manual the proper dihedrals are set, using in the topology<BR>file(top file) the inner two atoms of the dihedral. But how i can set the two<BR>following dihedrals, which have the same inner atoms<BR>C-O-C-H<BR>C-O-C-C<BR>but different external atoms, and of course different K values(KJ/mol)<BR>Argyris Karatrantos<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gm!
 x-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><BR>===========End of original message text===========<BR><BR></P><br>
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