<br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/11/06, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org
</a></b> &lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Send gmx-users mailing list submissions to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

gmx-users@gromacs.org</a><br>From: &quot;Berk Hess&quot; &lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx3@hotmail.com</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Energy profile with umbrella sampling
<br><br>&gt;From: &quot;pim lists&quot; &lt;
<a href="mailto:pimlists@googlemail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">pimlists@googlemail.com</a>&gt;<br>&gt;&gt;We are using umbrella sampling to observe a hydrogen transfer.&nbsp;&nbsp;And would
<br>&gt;&gt;like to analyze our results by graphing the energy against the reaction
<br>&gt;&gt;coordinates, in order to see the energy profile for the transition state.<br>&gt;&gt;Does the force constant from the umbrella sampling affect the output of<br>&gt;&gt;g_energy?&nbsp;&nbsp;Are there any special steps that should be taken in order to do
<br>&gt;&gt;this?<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;Thank you for your time and assistance<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;Robert Fiske<br>&gt;&gt;<br>&gt;<br>&gt;According to src/mdlib/pull.c the umbrella forces*displacement are added to<br>

&gt;the virial. Therefore I'd say you see back effects in the virial/pressure<br>&gt;output of g_energy.<br>&gt;The umbrella potential energy is apparently not written away anywhere,<br>&gt;you'll have to recalculate it from the displacement-from-the-mean written
<br>&gt;in<br>&gt;your pull.pdo output file, and add that energy yourself to the total<br>&gt;energy.<br><br>Indeed it does not seem to be added to the total energy,<br>this should be stated in the manual.<br><br>But anyhow, in most cases you do not want this contribution to the energy,
<br>as you would like to have the energy of the original system.<br>The only thing that you need to correct for is that the sampling<br>is biased by the umbrella potential, which you can recalculate from<br>the displacement and the force constant.
<br><br>Berk.<br></blockquote></div><br>
Sorry, I must have been sleeping! In any case, you state you want an
energy profile for the transition state. Interaction energies you can
get correctly from the g_energy file, but I guess you want free
energies. How could you retrieve those? Boltzmann inversion of the
distance distribution of your coordinate + the correction of the
umbrella potential?<br>
<br>
greetings, Pim<br>
<br>