Dear Gromacs Users:<br>
Sorry I didn't post together the tar file and the tex in the 2 previous mails. Anyway here you are.<br>



I have a question and I hope you can help me.
I want to
simulate a LJ-system in reduced units to reproduce the values of
<span><span>Mol. Phys. 78, 591-618</span></span> (page 595). I made my
<span style="font-weight: bold;">grompp.mdp</span>, <span style="font-weight: bold;">conf.gro</span> and <span style="font-weight: bold;">topo1.top</span>
(Please see attached file) and I&nbsp; simulated the system and I got the value close to the
right pression, but the answer was wrong&nbsp; for the potential (I
got almost&nbsp; the potential but times 1000). I<font size="-1"> tried various other&nbsp;</font> values
and I got the same thing. I don't know where the error is? . What i did is:<br>



<ul>
<li><span style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;"></span><span style="color: rgb(255, 102, 102);">grompp.mdp</span></span><span style="color: rgb(255, 102, 102);">.</span>- I set up <span style="font-weight: bold;">



reduced temperature= <span style="font-weight: bold;">5</span></span>,<span style="font-weight: bold;">

 rcut-off =4</span> (rvdw), and Temperature coupling = Berendsen.</li>
</ul>



<ul>
<li><span style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;"></span><span style="color: rgb(255, 102, 102);">conf.gro</span></span>.- <span style="font-weight: bold;">reduced density = 0.4</span>
(864 atoms and box size 12.92660x12.92660x12.92660) I generated the
initial positions as SC also in reduce units (simple cubic).
</li>
</ul>



<ul>
<li>&nbsp;<span style="font-weight: bold; color: rgb(255, 102, 102);">topo1.top</span>.- I set up&nbsp; <span style="font-weight: bold;">epsilon=1</span>, <span style="font-weight: bold;">sigma=1</span> and <span style="font-weight: bold;">



mass=1, </span>following the manual reference.</li>
</ul>


<font size="-1"> </font>Could
someone help me? Has <font size="-1">Anybody done any simulation in reduce units?,&nbsp;</font> Thanks in advance.<br>


<br>


P.S.: gromacs gives the pression in bar ===&gt; presion [in reduced units ]&nbsp; = 16.6054*pression (in md.log&nbsp; file)<br clear="all">
<br>
-- <br>
Cheers,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<br>
Paul CARDENAS LIZANA<br>
<a href="mailto:g943189@oz.nthu.edu.tw" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
g943189@oz.nthu.edu.tw</a> / <a href="mailto:paulclizana@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">paulclizana@gmail.com</a><br>
National Tsing Hua University (ÇåÈA´óŒW)<br>
<br>
ÖxÖxÄãµÄŽÍæ<br>
I appreciate your help. Thanks!<br>
Os agradezco la ayuda. Gracias!<br clear="all"><br>