On 7/11/06, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a></b> &lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; wrote:<div>
<span class="gmail_quote"></span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Send gmx-users mailing list submissions to<br><br>Message: 6
<br>Date: Tue, 11 Jul 2006 17:27:46 +0200<br>From: Steven Kirk &lt;<a href="mailto:Steven.Kirk@hv.se">Steven.Kirk@hv.se</a>&gt;</blockquote><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Consider a pair of spherical macromolecules of diameter ~2.5 nm,<br>arranged along an x-axis so that their centres of mass are 4nm apart,<br>then centered in a 14 x 10 x 10 nm periodic box,</blockquote><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
The box is then filled with TIP4P water, energy minimized, run with</blockquote><div>&nbsp;<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000000&nbsp;&nbsp;; total 1000 ps.<br>The problem is that when I run this simulation, the expected drift of<br>the macromolecules towards each other does not occur. <br>Regards,<br>Steve Kirk</blockquote><div>
<br><br>This is a huge system! How many water molecules do you have? What is the experimental diffusion constant of these particles in water? In any case, in 1 ns you probably won't see much happening there. I guess in 10 / 100&nbsp; ns you won't see much drift happening as well. Probably you need some form of distance dependent free-energy (
e.g. distance constaints) method to get any wiser about the drift of the molecule<br></div><br></div>