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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hmm..<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Well counting the charged residues leads
to scores of ions, which I think would be a tight squeeze in my water box,
given that each ion should have a hydration shell around it. &nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>I like the idea of neutralizing, then
adding ions to reach a certain ionic strength. &nbsp;However how to know
exactly what ionic strength I need? &nbsp;I am modeling murA, but haven&#8217;t
found an ionic strength in the literature. &nbsp;Also, wouldn&#8217;t the ionic
strength near the protein be different from that elsewhere in the solution?&nbsp;
&nbsp;&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Sam<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:windowtext'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:windowtext;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:windowtext'> gmx-users-bounces@gromacs.org
[mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b><span style='font-weight:bold'>On
Behalf Of </span></b>Ran Friedman<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Sunday, July 16, 2006 12:57
PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <st1:PersonName w:st="on">Discussion
 list for GROMACS users</st1:PersonName><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [gmx-users]
counterions?</span></font><font color=black><span style='color:windowtext'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>Hi,<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>If you want to add ions near charged residues and want
to know how much, just count the number of charged residues, and add one
positive and one negative charge for the N- and C- termini.<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>You can use g_sas to locate the solvent-exposed
residues if that's needed.&nbsp; <br>
<br>
However, I think that no matter where you put the ions, they will relocate once
the simulation equilibrates. So it may be better just to put enough ions to
neutralise the system. You can then add some ions to reach the desired ionic
strength. genion can be used to randomly put the ions in place, which makes
sense since they're very mobile anyhow.<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><br>
Hope that helps,<br>
Ran.<br>
<br>
Samuel C Flores wrote: <o:p></o:p></span></font></p>

<pre wrap=""><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Hi Guys,<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'> <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Can anyone tell me how I should go about adding counterions in GROMACS?<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Right now I am adding just enough counterions to make the net charge equal<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>to zero.&nbsp; However I believe I should be adding a counterion for each charged<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>atom on the surface, according to some algorithm.&nbsp; Is there some program out<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>there, similar to Amber's CION, for deciding how many counterions to supply?<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>I think I can use genion to actually place them, right now I just want to<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>know how many I need..<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'> <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Sam&nbsp; <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'> <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>&nbsp;+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'> This Mail Was Scanned By Mail-seCure System<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'> at the <st1:place
w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on">Tel-Aviv</st1:PlaceName> <st1:PlaceType
 w:st="on">University</st1:PlaceType></st1:place> CC.<o:p></o:p></span></font></pre><pre
wrap=""><font size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre style='text-align:center'><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>

<hr size=4 width="90%" align=center>

</span></font></pre><pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>_______________________________________________<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a
href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><a
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>www interface or send it to <a
href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Can't post? Read <a
href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><o:p></o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>-- <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Ran Friedman<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><a
href="http://bioinfo.tau.ac.il/~ran">http://bioinfo.tau.ac.il/~ran</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Laser Laboratory for Fast Reactions in Biology<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Department of Biochemistry<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Faculty of Life Sciences<o:p></o:p></span></font></pre><pre><st1:place
w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on"><font size=2 color=black face="Courier New"><span
  style='font-size:10.0pt'>Tel-Aviv</span></font></st1:PlaceName> <st1:PlaceType
 w:st="on">University</st1:PlaceType></st1:place><o:p></o:p></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Tel. +972-3-6409824<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Fax. +972-3-6409875<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></pre></div>

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