<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.0  (Linux)"><meta name="CREATED" content="20060717;16135500"><meta name="CHANGED" content="20060717;16222900">

        
        
        
        
        <style>
        &lt;!--
                @page { margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        --&gt;
        </style>

<pre class="western">Hi for all ...
Can somebody help me, 
how to make a bonded interaction between
HIS an Zinc atom ?

I work with a metalloprotease
and in this protein 3 HIS redisidues make bond with a Zn atom by its NE2 atoms

I try form this bounds by pdb2gmx with option -his

a show only this :

Type a number:1
Which HISTIDINE type do you want for residue 141
0. H on ND1 only (HISA)
1. H on NE2 only (HISB)
2. H on ND1 and NE2 (HISH)
3. Coupled to Heme (HIS1)


I need make more one option like Couple to Zinc (HISZ)

I try it :

i insert a line : in specbond.dat in top folder
HIS        NE2        1        ZIH        ZN        1        0.25        HISZ        ZIH

<i>in </i>
<i>6</i>
CYS        SG        1        CYS        SG        1        0.2        CYS2        CYS2
CYS        SG        1        HEME        FE        2        0.25        CYS2        HEME
CYS        SG        1        HEME        CAB        1        0.2        CYS2        HEME
CYS        SG        1        HEME        CAC        1        0.2        CYS2        HEME
HIS        NE2        1        HEME        FE        1        0.2        HIS1        HEME
<i>HIS        NE2        1        ZIH        ZN        1        0.25        HISZ        ZIH</i>


but it dont resolve my problem

Thanks !</pre>