<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2912" name=GENERATOR>
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<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Can anybody tell me how can I generate arbitrary 
S-S bonds with gromacs? The problem is that I have a protein and I want to 
specify some S-S bond between two cysteine residues but they are not an options 
given by pdb2gmx&nbsp;-ss. Should I touch topology file by hand? Why pdb2gmx 
do&nbsp;not recognizes automatically SSBOND records in pdb files?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Regards,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>César.-</FONT></DIV></BODY></HTML>