Dear all,<br> we are currently trying to set up Gromacs to run in parallel on a 3 dual-core machines with centOS ver. 4 .<br> <br> But we face the following error message when we try to run mdrun_mpi:<br> <br> Program mdrun_mpi, VERSION 3.3<br> Source code file: init.c, line: 69<br> <br> Fatal error:<br> run input file topol.tpr was made for 2 nodes,<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while mdrun_mpi expected it to be for 1 nodes.<br> -------------------------------------------------------<br> <br> Can anybody help us with this?<br> <br> The error message came after running:<br> grompp -f md.mdp -c b.gro -p topol.top -v -np 2<br> followed by:<br> mpirun -np 2 mdrun_mpi -s -v -np 2<br> <br> I should add, that it as we have lam/mpi installed and working, since a check as<br> in:<br> mpirun -np 2 ls<br> does not give errors.<br> <br> Also lamboot -v seems to exit fine:<br> [rasponi@bicluster TEST]$ lamboot -v<br> <br> LAM 7.0.6/MPI 2
 C++/ROMIO - Indiana University<br> <br> n-1&lt;5535&gt; ssi:boot:base:linear: booting n0 (bicluster.bioing.polimi.it)<br> .....cut....<br> n-1&lt;5535&gt; ssi:boot:base:linear: finished<br> [rasponi@bicluster TEST]$<br> <br> Hope some of you guys out there can help us out.<br> All the best,<br> Soren Enemark<br>