<DIV>hi, gmx group and all gmx usrs,</DIV>
<DIV>I am&nbsp; doing some MD simulations on CNT's (carbon nanotube) mechanical properties with GROMACS.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>first of all, thanks very much for all the suggestions before. I finally got a stable CNT structure with those helps. </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am in trouble again. May anyone help me out:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>When I pull the tube, all the atoms flies everywhere at the second step. And, it's strange that at the beginning of the "mdrun", GMX said ,<BR>------------------------------------<BR>reading file ndx30.tpr, VERSION 3.3 (single precision)<BR>Reading parameter file pull10.ppa<BR>Groups: top<BR>Reference Group:&nbsp; bot<BR>Using 1 pull groups<BR>Using distance components 0 0 1<BR>starting mdrun 'ICE'<BR>20 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0 ps.<BR>&nbsp;<BR>Warning: 1-4 interaction between 5 and 6 at distance 1.295 which is larger than<BR>the 1-4 table size 1.000 nm<BR>These are ignored for the rest of the simulation<BR>This usually means your system is exploding,<BR>if not, you should increase table-extension in your mdp file<BR>Writing final coordinates.<BR>-----------------------------------------------------</DIV>
<DIV>Which parameter in mdp or pull.ppa could lead to that? Is there probably anything wrong with my mdp file or maybe the gro file? How should I fix it?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>1.&nbsp; if I want to apply axial stretching (or compression) on the tube, I should use the AFM pulling code. Am I on the right way?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>2.&nbsp; should I do PR before running pulling? (I do not think it's necessary, but maybe it is the certain reason?)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>3.&nbsp; should I redo EM? but EM gave me the present gro with total potential very low.<BR>(&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential Energy&nbsp; = -5.5786455e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 7.5916821e+02 on atom 267<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5.8862563e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; )&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------- Is it ok?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>best wishes, and looking forward to any suggestions.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Jacky Allon from SCUT<BR><A href="mailto:jackyxh@163.com">jackyxh@163.com</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Follows is the md.log file and pullout.ppa attached:<BR>----------------------------------md.log (below)<BR>Input Parameters:<BR>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<BR>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<BR>&nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<BR>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; bDomDecomp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; decomp_dir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<BR>&nbsp;&nbsp; nstcheckpoint&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<BR>&nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = full<BR>&nbsp;&nbsp; bUncStart&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<BR>&nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<BR>&nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; compress (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<BR>&nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------------------I have tried 1.0 and 1.2 too,but the result changed just a little<BR>&nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -----------------------And this too<BR>&nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------------------- And this.<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; tabext&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still<BR>&nbsp;&nbsp; nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; fudgeQQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>&nbsp;&nbsp; init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<BR>&nbsp;&nbsp; delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<BR>&nbsp;&nbsp; disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; dihre-fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; dihre-tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstdihreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<BR>&nbsp;&nbsp; em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>&nbsp;&nbsp; niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<BR>&nbsp;&nbsp; fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>&nbsp;&nbsp; ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<BR>&nbsp;&nbsp; shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-04<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993<BR>&nbsp;&nbsp; cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; deform (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>grpopts:<BR>&nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2067<BR>&nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<BR>&nbsp;&nbsp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>anneal:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No<BR>ann_npoints:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>&nbsp;&nbsp; energygrp_flags[&nbsp; 0]: 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-x:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-xt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-y:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-yt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-z:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-zt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; bQMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; QMconstraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; QMMMscheme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; scalefactor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>qm_opts:<BR>&nbsp;&nbsp; ngQM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>CPU=&nbsp; 0, lastcg=&nbsp; 699, targetcg=&nbsp; 350, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>nsb-&gt;shift =&nbsp;&nbsp; 1, nsb-&gt;bshift=&nbsp; 0<BR>Neighbor Search Blocks<BR>nsb-&gt;nodeid:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>nsb-&gt;nnodes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>nsb-&gt;cgtotal:&nbsp;&nbsp; 700<BR>nsb-&gt;natoms:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 700<BR>nsb-&gt;shift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>nsb-&gt;bshift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>Nodeid&nbsp;&nbsp; index&nbsp; homenr&nbsp; cgload&nbsp; workload<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 700</DIV>
<DIV>Table routines are used for coulomb: FALSE<BR>Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<BR>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.24&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.24&nbsp;&nbsp; LJ: 0.24<BR>System total charge: 0.000<BR>Generated table with 500 data points for 1-4 COUL.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for 1-4 LJ6.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for 1-4 LJ12.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Center of mass motion removal mode is Linear<BR>We have the following groups for center of mass motion removal:<BR>&nbsp; 0:&nbsp; rest, initial mass: 8400<BR>There are: 700 Atoms<BR>Removing pbc first time<BR>Done rmpbc</DIV>
<DIV>**************************************************<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PULL INFO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>**************************************************<BR>RUN TYPE: Afm<BR>REFERENCE TYPE: center of mass of reference group<BR>Looking for group top: found group top: 10 elements. First: 658&nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---pulled group, one side of the tube<BR>Looking for group bot: found group bot: 10 elements. First: 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----ref group, the other side of the tube</DIV>
<DIV><BR>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 0.008333<BR>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 14.243</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;----box 3 3 20 and length of tube 8.488</DIV>
<DIV><BR>Initializing reference group. Inv. mass: 0.000000<BR>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<BR>Initial distance of group 1:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.757</DIV>
<DIV>Pull rate: 1.000000e-03 nm/ns. Force constant: 1.680000e+03 kJ/(mol nm)<BR>Pull direction:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; -0.000&nbsp;&nbsp; -1.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------Strange? But I set "afm_dir1&nbsp; = 0.0 0.0 1.0"</DIV>
<DIV><BR>Started mdrun on node 0 Sun Jul 30 03:30:54 2006<BR>Initial temperature: 304.385 K<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>Grid: 25 x 25 x 166 cells<BR>Configuring nonbonded kernels...<BR>Testing AMD 3DNow support... not present.<BR>Testing ia32 SSE support... present.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<BR>H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak<BR>Molecular dynamics with coupling to an external bath<BR>J. Chem. Phys. 81 (1984) pp. 3684-3690<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</DIV>
<DIV>Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04424,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00987,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01367, ekin-cm:&nbsp; 9.41453e+00<BR>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.23930e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.50185e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.24203e+03&nbsp;&nbsp; -8.04751e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.18375e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.63024e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.74861e+06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.38835e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.13207e+06</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.03441,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.03032,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.52306, ekin-cm:&nbsp; 5.57689e+05<BR>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.62589e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.52028e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.77182e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.35415e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.62880e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.84601e+09&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.00889e+09<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.80318e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.82511e+08</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00575,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01008,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.12466, ekin-cm:&nbsp; 6.58298e+01<BR>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.93545e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.10614e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.26717e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.64429e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.72732e+09&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.22199e+09&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.38166e+17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.38166e+17<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.60788e+16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.49739e+15</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.96824,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 170.04892,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 230.66357, ekin-cm:&nbsp; 3.47746e+08<BR>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.95650e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.87158e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.35144e+04&nbsp;&nbsp; -4.57799e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.75407e+14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.75408e+14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.77067e+26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.77067e+26<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.02067e+26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.39409e+25</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.95603e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.18547e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.31598e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.71733e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.48841e+11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.49337e+11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>-------------------------------------------------------<BR>Program mdrun, VERSION 3.3<BR>Source code file: nsgrid.c, line: 226</DIV>
<DIV>Range checking error:<BR>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<BR>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<BR>errors that give particles very high velocities you might end up with some<BR>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<BR>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<BR>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<BR>energy seems reasonable before trying again.</DIV>
<DIV>Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 103750 ]<BR>Please report this to the mailing list (<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>)<BR>-------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>"Don't Grumble, Give a Whistle !" (Monty Python)<BR>----------------------------------------md.log (above)</DIV>
<DIV>==========================pullout.ppa (below)<BR>;<BR>;&nbsp;File 'pullout.ppa' was generated<BR>;&nbsp;By user: root (0)<BR>;&nbsp;On host: localhost.localdomain<BR>;&nbsp;At date: Sat Jul 22 20:43:49 2006<BR>;<BR>; GENERAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>verbose&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>Skip steps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Runtype: afm, constraint, umbrella<BR>runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = afm<BR>; Number of pull groups <BR>ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Groups to be pulled&nbsp;&nbsp; <BR>group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = top<BR>; The group for the reaction force.<BR>reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = bot<BR>; Weights for all atoms in each group (default all 1)<BR>weights_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>reference_weights&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>; Ref. type: com, com_t0, dynamic, dynamic_t0<BR>reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com<BR>; Use running average for reflag steps for com calculation<BR>reflag&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<BR>pulldim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N&nbsp;N&nbsp;Y<BR>; DYNAMIC REFERENCE GROUP OPTIONS<BR>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<BR>r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>; Switch from r to rc in case of dynamic reaction force<BR>rc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>; Update frequency for dynamic reference groups (steps)<BR>update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1</DIV>
<DIV>; CONSTRAINT RUN OPTIONS<BR>; Direction, default: 0 0 0, no direction<BR>constraint_direction&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<BR>; Constraint distance (nm), default: 0, use starting distance<BR>constraint_distance1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>; Rate of chance of the constraint length, in nm/ps<BR>constraint_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>; Tolerance of constraints, in nm<BR>constraint_tolerance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-06</DIV>
<DIV>; AFM OPTIONS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>; Pull rates in nm/ps&nbsp;&nbsp; <BR>afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<BR>; Force constants in kJ/(mol*nm^2)<BR>afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1680<BR>; Directions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0&nbsp;0.0&nbsp;1.0<BR>; Initial spring positions<BR>afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0&nbsp;0&nbsp;8.488</DIV>
<DIV>; UMBRELLA SAMPLING OPTIONS<BR>; Force constants for umbrella sampling in kJ/(mol*nm^2)<BR>; Centers of umbrella potentials with respect to reference:<BR>; Ref - Pull.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>K1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>Pos1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<BR>=================================pullout.ppa (above)<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><SPAN >--<BR>If you send me one, I will always Re you three, friendship, help or anything else except emails and money:) ——Jacky Allon</SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">3G 时 代 火 爆 登 场 ，你 的 装 备 齐 了 吗 ？</font>
        <br>
         <a href="http://www.126.com/" target="_blank" style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue">超 大 3G 容 量，免 费 再 送 280 兆 实 用 网 盘、网 络 记 事 本、RSS 阅 读，一 个 也 不 能 少
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