<DIV>Dear gmx users</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>I have a protein molecule with few missing residues,</DIV>  <DIV>a&nbsp;Lys with CG, CD, CE, NZ missing atoms, and</DIV>  <DIV>a Val with CG1, CG2 missing atoms.</DIV>  <DIV>I noticed that pdb2gmx reads the pdb file and places the missing atoms.</DIV>  <DIV>First I want to know whether gromacs places only missing atoms or it places the entire side chain? </DIV>  <DIV>Second, is gromacs' repaired molecule reliable for simulation or I should do homology modelling&nbsp;using other softwares to repair the molecule?</DIV>  <DIV>Thanks,</DIV>  <DIV>Ninoo</DIV><p>&#32;
        

        
                <hr size=1></hr> 
Here’s a new way to find what you're looking for - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/yanswers/*http://in.answers.yahoo.com/">Yahoo! Answers</a>