Dear Gmx users:<br>I am a new user and I have some questions<br>Somebody could say me what it means the index at atoms in the
ffoplsaabon.itp file (a fragment of file<br>is gave bellow). <br>Some are obvious (OH, is oxygen bonden to
hydrogen and HO is a hydrogen bonded to oxygen) <br>but definitively I dont know
what type of bond makes the carbon atoms like C_2, C_3 or C *.<br>I cant find this issue at manual so forgive me for the basic question.<br><br>Thank you<br>eef<br><br>; Some esoteric OPLS atomtypes are not freely available (or depreciated).
<br>; Interaction types involving these have been commented out.<br><br>[ bondtypes ]<br>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp; func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; b0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kb<br>&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572&nbsp;&nbsp; 502080.0&nbsp;&nbsp; ; For TIP4F Water - wlj 1/98<br>&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; LP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.01750&nbsp;&nbsp; 753120.0&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -idem-<br>&nbsp; C*&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10800&nbsp;&nbsp; 284512.0&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ; END<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ; END<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 
265265.6&nbsp;&nbsp; ; END<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ; wlj 8/97<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ; wlj 8/97<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ; wlj 8/97<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14190&nbsp;&nbsp; 374049.6
&nbsp;&nbsp; ; GUA<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14190&nbsp;&nbsp; 374049.6&nbsp;&nbsp; ; GUA<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14190&nbsp;&nbsp; 374049.6&nbsp;&nbsp; ; GUA<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14440&nbsp;&nbsp; 343088.0&nbsp;&nbsp; ; THY<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14440&nbsp;&nbsp; 343088.0&nbsp;&nbsp; ; THY<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.14440&nbsp;&nbsp; 343088.0&nbsp;&nbsp; ; THY<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14900&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C_2&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ;<br>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT_2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ; AA Calpha<br>&nbsp; C_3&nbsp;&nbsp; CT_2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15220&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp; ; AA C-term<br>&nbsp; NO&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.12250&nbsp;&nbsp; 460240.0
&nbsp;&nbsp; ; wlj nitro<br>&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp; CW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13670&nbsp;&nbsp; 456892.8&nbsp;&nbsp; ; wj/nm<br>&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14240&nbsp;&nbsp; 392459.2&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14240&nbsp;&nbsp; 392459.2&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10800&nbsp;&nbsp; 307105.6&nbsp;&nbsp; ; -idem-
<br>&nbsp; CU&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13200&nbsp;&nbsp; 343088.0&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; CU&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14210&nbsp;&nbsp; 392459.2&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; CU&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10800&nbsp;&nbsp; 307105.6&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13490&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; OS&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.13990&nbsp;&nbsp; 386601.6&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; OS&nbsp;&nbsp;&nbsp; CR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13570&nbsp;&nbsp; 386601.6&nbsp;&nbsp; ; -idem-<br>&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15260&nbsp;&nbsp; 217568.0&nbsp;&nbsp; ; Ethane<br>&nbsp; C!&nbsp;&nbsp;&nbsp; C!&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14600&nbsp;&nbsp; 322168.0&nbsp;&nbsp; ; wlj<br>&nbsp; C!&nbsp;&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14600&nbsp;&nbsp; 
322168.0&nbsp;&nbsp; ; wlj<br><br><br>______________________________________<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Eudes Eterno Fileti<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Centro de Ciência Naturais e Humanas<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Universidade Federal do ABC
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Rua Santa Adélia, 166<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CEP 09210-170<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; skype: eefileti