<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.69">
<TITLE>problem with ambconv</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hi<BR>
<BR>
I'm presently trying to use the ambconv program to convert amber topologies generated with antechamber v. 1.26 and tleap to gromacs format for use with the amber force field port.<BR>
<BR>
The problem is, I can't get the program to work. For example :<BR>
<BR>
$ ambconv -v -at spl2.atop -rst spl2.rst -gt spl2.itp -gro spl2.gro -pdb spl2.pdb<BR>
AMBCONV v1.0<BR>
AMBER .top&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : spl2.atop<BR>
AMBER .rst&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : spl2.rst<BR>
GROMACS .top&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : spl2.itp<BR>
GROMACS .gro&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : spl2.gro<BR>
PDB .pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : spl2.pdb<BR>
Segmentation fault<BR>
<BR>
This is using the old file format generated with tleap when setting oldprmtopformat to on. The same happens with the new file formats (.prmtop and .inpcrd).&nbsp;<BR>
I have tried modifying the ambconv.c file and recompiling as suggested in the mailing list (Wed Jun 16 18:41:55 CEST 2004), but got the same result.<BR>
<BR>
Does someone has a version of ambconv which works with antechamber 1.26, or should I use an older version of antechamber and leap ?<BR>
<BR>
Diane</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>