<HTML><BODY>
<DIV><BR>In God We Trust<BR>Hello GMX users <BR>I want to do QM/MM by 
Gromacs and mopac7.I install Gromacs&nbsp;and mopac7.when I run mdrun it 
says:</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up a.log to ./#a.log.5#<BR>Reading file a4.tpr, 
VERSION 3.3 (single precision)<BR>QM/MM calculation requested.<BR>Layer 0<BR>
nr of QM atoms 147<BR>QMlevel: PM3/STO-3G</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MAXIMUM 
NUMBER OF ATOMIC ORBITALS EXCEEDED<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MAXIMUM ALLOWED 
= 200<BR>keywords are: PRECISE GEO-OK CHARGE=0 GRAD MMOK ANALYT PM3</DIV>
<DIV><BR>Back Off! I just backed up a.edr to ./#a.edr.5#<BR>Steepest 
Descents:<BR>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
1.00000e+02<BR>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<BR>&nbsp;counting the 
number of NH-C=O groups<BR><STRONG>MPI process rank 0 (n0, p18041) caught a 
SIGSEGV</STRONG>.</DIV>
<DIV><BR>and here is the end of my md.log file </DIV>
<DIV>Initializing LINear Constraint Solver<BR>&nbsp; number of constraints 
is 6<BR>&nbsp; average number of constraints coupled to one constraint is 
0.0</DIV>
<DIV>Steepest Descents:<BR>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
1.00000e+02<BR>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<BR>&nbsp;&nbsp; Rel. 
Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between 
atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.098311&nbsp;&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp; 0.093123<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After 
LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000003&nbsp;&nbsp; 
1684&nbsp;&nbsp; 1687&nbsp;&nbsp; 0.000001</DIV>
<DIV>Going to use C-settle (1267 waters)<BR>wo = 0.333333, wh =0.333333, 
wohh = 3, rc = 0.08165, ra = 0.0384897<BR>rb = 0.0192449, rc2 = 0.1633, rone 
= 1, dHH = 0.1633, dOH = 0.1<BR>Grid: 9 x 9 x 6 cells<BR>Configuring 
nonbonded kernels...<BR>Testing AMD 3DNow support... not present.<BR>Testing 
ia32 SSE support... present.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I do not have any idea why this is happening?.May I ask you what does 
it means?<BR>Any help will be greatly appreciated<BR>&nbsp;<BR>Karim 
Mahnam<BR>Institute of &nbsp;Biochemistry &nbsp;and &nbsp;Biophysics 
(IBB)<BR>Tehran University <BR>P.O.box 13145-1384<BR>Tehran <BR>Iran <BR>
http://www.ibb.ut.ac.ir/<BR><BR></DIV>
</BODY></HTML>