
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.28">

<TITLE>help with distance restraints</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->

<BR>


<P><FONT SIZE=2>Hello,<BR>

<BR>

I am trying to use NMR restraints to position a Cu2+ ion around specific residues of a peptide.&nbsp; I added Cu2+ using &quot;genion&quot; and then initiated &quot;grompp&quot; before an energy minim minimization.&nbsp; I received the following error message while executing &quot;grompp&quot;:<BR>

<BR>

<BR>

-------------------------------------------------------<BR>

Program grompp, VERSION 3.3.1<BR>

Source code file: toppush.c, line: 1108<BR>

<BR>

Fatal error:<BR>

[ file &quot;Ab_Cu.top&quot;, line 5864 ]:<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Atom index (67248) in distance_restraints out of bounds (1-1)<BR>

-------------------------------------------------------<BR>

<BR>

<BR>

Below is the entry in the topology file.&nbsp; Line 5864 contains the value 97 and the value 67248 refers is the atom number of the Cu2+ ion.<BR>

<BR>

<BR>

[ distance_restraints ]<BR>

<BR>

;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; index&nbsp;&nbsp; type'&nbsp;&nbsp; low&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fac<BR>

67248&nbsp;&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.185&nbsp;&nbsp; 0.195&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<BR>

67248&nbsp;&nbsp; 196&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.185&nbsp;&nbsp; 0.195&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<BR>

67248&nbsp;&nbsp; 213&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.185&nbsp;&nbsp; 0.195&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<BR>

67248&nbsp;&nbsp; 148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.195&nbsp;&nbsp; 0.205&nbsp;&nbsp; 0.21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<BR>

<BR>

Could you suggest any changes that would eliminate my error?<BR>

<BR>

Thanks in advance,<BR>

<BR>

Michael Owen<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>