Dear Gmx users<br><br>In my phD I applied&nbsp; the QM/MM sequential methodology. <br>Differently of the QM/MM conventional methodology, <br>here we performed the quantum calculations after the <br>simulation and not simultaneously (see some refs: 
<br>Phys. Rev. E, 67, 61504, 2003; J. Chem. Phys.,117, 1692, 2002). <br>We carry quantum calculation only over<br>the configurations of the simulation that are structurally<br>uncorrelated, are they that have statistical relevance. 
<br>With Monte Carlo, we use the self-correlation function<br>of the energy. This function says us what the interval of MC steps<br>we must collect a configuration so that this does not have no correlation<br>with the previous one. In the case of Molecular Dynamics this is
<br>make by van Hove function. In this case the function of van hove<br>say us what time interval I must save a form structure that this if<br>does not remember the previous one. Thus, we will only take to the<br>quantum calculation the configurations with relevance statistics.
<br><br>Dr van Maaren have suggested me apply something<br>like the block averaging method to the msd to get some kind of feeling<br>how large the interval should be? I did this using:<br><br>g_analyze -f potential.xvg -ee
<br><br>When I following its suggestion to use the process<br>of block-averaging to uncorrelate my structures<br>I realized that I could use the autocorrelation function<br>of the potential energy. For this I made<br><br>
g_energy -f ener -s term -o potential<br><br>After that I made<br><br>g_analyze -potential -ac acorr<br>&nbsp;<br>However I have not obtained the standard<br>like the figure 2 of Mol.Phys, 1986,57,89<br>(exponetially achieving the zero of C(i) )
<br>but, on the contrary of this, I got an oscillation,<br>giving positive and negative values for C(i).<br><br>I assume that this behavior is not correct<br>and I cant to perceive my error. (If interesting I can<br>sent to you, not to list, the chain of potentil energy
<br>with 40000 time steps) <br><br>As a last attempt, I tried to found the van Hove function at<br>Gromacs but some posts at maling list indicates me that<br>this function is not implemented into Gromacs.<br><br>SUMMARIZING: I have one trajectory of 800ps. I need extract
<br>this trajectory uncorrelated (statistically independent) <br>configurations. So I need know how many ps separates two consecutive<br>configuratios. Which procedure I can use for this analysis?<br><br><br>Thanks<br>eef
<br>______________________________________<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Eudes Eterno Fileti<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Centro de Ciência Naturais e Humanas<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Universidade Federal do ABC<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Rua Santa Adélia, 166
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CEP 09210-170<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; skype: eefileti