Hi all and Spoel<br>
<br>
Based on mailing list answer at Mar 20th 2003, which discribed the
entire topology file for water shell model, referencing on J. Phys.
Chem B. 105 (2618) 2001, I have tryed to run water polarization MD with
this file.itp. However, running grompp a message &quot;Water polarization
should now be listed under [ water_polarization ]&quot; appears. In my *.top
file I wrote: <br clear="all"><br>
#include &quot;shell.itp&quot;<br>
[ system ]<br>
Water<br>
[ molecules ]<br>
SW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500<br>
<br>
And shell.itp is the same as reported in the cited mailing list. An
additional message was: &quot;Source code file: topdirs.c, line: 145&quot;. At
this line, in source code, I was able to see that this error probably
comes from POSRES defintion. As can be seen below:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; switch (type) {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; case 1:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; return F_POSRES;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; case 2:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx_fatal(FARGS,&quot;Water polarization should now be listed under [ water_polarization ]\n&quot;);<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; default:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx_fatal(FARGS,&quot;Invalid position restraint type %d&quot;,type);<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
<br>
Can anyone help me to solve this problem? <br>
<br>
<br>
regards<br>
<br>
Luciano<br>-- <br>###&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Luciano Tavares da Costa&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;###<br> Laboratory of Molecular Spectroscopy<br>## IQ - University of Sao Paulo - Brazil ##<br>&nbsp;&nbsp;<a href="http://lem.iq.usp.br;ltcnikit@gmail.com">http://lem.iq.usp.br;ltcnikit@gmail.com
</a>&nbsp;&nbsp;##################################