
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Dear All .. <DIV>I have only recently started the GROMACS package. I want to run a MD simulation in vacuum for 5 ns say. I have tried to edit the demo file which comes with the GROMACS package. but Some how it give an error. Which I am still unable to solve. I am atttaching the file under this. Could any one please help me to move further. </DIV><DIV>I am able to generate the .gro file and am able to run the pdb2gmx. </DIV><DIV>Many thanks in advance</DIV><DIV>Nav</DIV><DIV><SPAN></SPAN></DIV></BODY></HTML>