Hi all,<br>  <br>  I am trying to run a gromacs trajectory on a ligand-receptor complex,  where the ligand is a head-to-tail cyclic peptide. I add the -ter  option in the pdb2gmx command, so that i can turn off the charged  termini in the peptide. Unfortunately, it will only work keeping the N  terminus as -NH2 (meaning it will add two hydrogens on the resulting  structure) or as N (in this case it doesn't add any hydrogens). They  are both wrong, as I want one hydrogen, like in a normal peptide bond.  If i try to change the resulting files manually its a pain! The gro  file is easy enough, but the topology file has to be altered so that  the added hydrogen is in the correct atom and residue serial number.  That means i have to change all the remaining atoms, all angles,  dihedrals etc. Its just impossible as my complex has about 3.000 atoms!  Any suggestions???<br>  <p>&#32;
                <hr size=1><font size=-1 face=Arial> 
Χρησιμοποιείτε Yahoo!<br> 
Βαρεθήκατε τα ενοχλητικά μηνύ ματα (spam); Το Yahoo! Mail διαθέτει την καλύτερη δυνατή προστασία κατά των ενοχλητικών μηνυμάτων <br> 
<a href="http://login.yahoo.com/config/mail?.intl=gr">http://login.yahoo.com/config/mail?.intl=gr</a> </font>