Dear gmx-users:<br>
<br>
I am attempting to calculate the PMF of a small molecule across a
membrane. I am using the AFM method (pulling in the z-direction). I
find that during the simulaiton, the small molecule moves not only in
the pulling direction, but also in the x- and y-direction. <br>
<br>
Since Pulling_force = spring_constant * (pos_spring- pos_molecule), one
would need the full position (i.e., not just the z-coordinate) of the
small molecule. However, the pull code output&nbsp; provides only the
z-coordinate of the molecule. Would this cause a problem, or I am
missing something apparent (e.g., I should really do a 3-D pulling)?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Nick<br>
<br>