<br>
The starting structure is a homology model.&nbsp; <br>
(If you need some more details then please tell me)<br>
<br>
force field :&nbsp; GROMOS96 43a1 <br>
<br>
I have not at all added or removed any ion manually. <br>
<br>
amount of water : using&nbsp; genboc -cs ( spc216.gro ) water is added.<br>
&nbsp;Here the details are as follows <br>
<br>
<span style="font-style: italic;">Reading solute configuration</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">ecol</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Containing 1791 atoms in 175 residues</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Initialising van der waals distances...</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Reading solvent configuration</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">&quot;216H2O,WATJP01,SPC216,SPC-MODEL,300K,BOX(M)=1.86206NM,WFVG,MAR. 1984&quot;</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">solvent configuration contains 648 atoms in 216 residues</span><br style="font-style: italic;">
<br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Initialising van der waals distances...</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Will generate new solvent configuration of 4x4x5 boxes</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Generating configuration</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Sorting configuration</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Found 1 molecule type:</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL (&nbsp;&nbsp; 3 atoms): 17280 residues</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Calculating Overlap...</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">box_margin = 0.315</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Removed 13368 atoms that were outside the box</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Neighborsearching with a cut-off of 0.48</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Table routines are used for coulomb: FALSE</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.48&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.48&nbsp;&nbsp; LJ: 0.48</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">System total charge: 0.000</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Neighborsearching with a cut-off of 0.48</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Grid: 28 x 23 x 36 cells</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Succesfully made neighbourlist</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">nri = 75512, nrj = 2292910</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Checking Protein-Solvent overlap: tested 36365 pairs, removed 2592 atoms.</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Checking Solvent-Solvent overlap: tested 377819 pairs, removed 4773 atoms.</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Added 10369 molecules</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Generated solvent containing 31107 atoms in 10369 residues</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Writing generated configuration to ecolinusG_b4em.gro</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">ecol</span><br style="font-style: italic;">
<br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Output configuration contains 32898 atoms in 10544 residues</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 341.479 (nm^3)</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1005.02 (g/l)</span><br style="font-style: italic;">
<span style="font-style: italic;">Number of SOL molecules:&nbsp; 10369</span><br>
<br><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 8/21/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dhananjay wrote:<br>&gt; Hello all,<br>&gt;<br>&gt; I am running mdrun for a system of protein having 182 residues. (Before<br>&gt; going for MD,&nbsp;&nbsp;mdrun for&nbsp;&nbsp; EM and PR&nbsp;&nbsp;has been done as per the<br>&gt; instructions given in the online manual.)
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;After 3ns job is over, I calculated RMSD and it is about 0.6 nm.&nbsp;&nbsp;This<br>&gt; is too high.<br>&gt;<br>&gt; In the mailing list, most of the search suggests that RMSD&nbsp;&nbsp;may be high<br>&gt; depends on the system.<br>
&gt; One of the mails suggests to calculate RMSD domainwise. Hence I have<br>&gt; calculated it domainwise as the system consists of two domains. I found<br>&gt; that one of the domains has RMSD about 0.35 nm but the other domain is
<br>&gt; still showing around 0.6 nm<br><br>please give more details,<br>amount of water,<br>force field,<br>ions<br>where does that starting structure come from<br>etc.<br><br>&gt;<br>&gt; Is there something&nbsp;&nbsp;wrong in assigning the parameter ?
<br>&gt;<br>&gt; Please give me suggestions.........<br>&gt;<br>&gt; Thanking you in advance.<br>&gt;<br>&gt; The full mdrun paramitors are as follows:<br>&gt;<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;xyz<br>&gt;
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;/usr/bin/cpp<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;all-bonds<br>&gt; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;md<br>&gt;
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;
ps !<br>&gt;
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;20000000
; total 20 ns<br>&gt; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1<br>&gt; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;500<br>&gt; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1000<br>&gt; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;10<br>&gt; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;10<br>
&gt; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;10<br>&gt; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;grid<br>&gt;
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; nm<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;PME<br>&gt;
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;
nm<br>&gt; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.4<br>&gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.12<br>&gt; fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;4
<br>&gt; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1e-5<br>&gt; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;yes<br>&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in three groups<br>&gt; Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;berendsen<br>&gt;
tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1<br>&gt; tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;protein&nbsp;&nbsp;sol<br>&gt;
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300<br>&gt; ; Pressure coupling is on<br>&gt; Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;berendsen<br>&gt; pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;isotropic<br>&gt; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;0.5<br>&gt; compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;4.5e-5<br>&gt; ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;
1.0<br>&gt; ; Generate velocites is on at 300 K.<br>&gt; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;yes<br>&gt; gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;300.0<br>&gt; gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;173529<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Dhananjay<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br>
<br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Dhananjay&nbsp;<br>