<div>Hi,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thank you for the suggestions.</div>
<div>The water numbers should be fine. Becuase I can run the same system in AMBER ok. I have done minimization. And the system explodes during the equilibrium process.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I compared the energy of different component between AMBER and Gromacs. For all these components,&nbsp;BOND energy always has big difference for the same component between AMBER ang Gromacs. While the ANGLE, DIHEDRAL and&nbsp;LJ etc&nbsp;are consistent with each other.&nbsp;&nbsp;I can't figure out why.
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Justin</div>