
<html>

<body>

Hello GROMACS people,<br><br>

I'm trying to model a protein containing the unnatural amino acid

para-fluorophenylalanine (FPhe).&nbsp; I modified the aminoacid.dat file,

as well as the .hdb and .rtp files by adapting the existing entry for

PHE. <br><br>

I have been able to use 'grompp' and perform a minimization of an

FPhe-containing protein. However when I perform 'grompp' I get a

warning:<br><br>

<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><i>&gt;WARNING 1

[file &quot;1U70_F.itp&quot;, line 27460]:<br>

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&gt;No default

Proper Dih. types, using zeroes<br><br>

</i>The line in the .itp file corresponds to atoms which include the CE1,

CE2, CZ and F atoms of FPhe. I'm surprised that GROMACS is giving me a

warning because the FPh entry in the .rtp file nearly identical to that

for the PHE-&nbsp; the HZ atom is simply replaced by an F atom (the FPhe

entry in the .rtp file is included at the end of this message). How can I

rectify this situation? <br><br>

Thanks,<br>

Vanessa<br>

________________________________________________________________<br><br>

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><i>[ FPh ]<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>[ atoms ]<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_34&nbsp;

-0.41570&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp;

0.27190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp; -0.00240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

HA&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;

0.09780&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp; -0.03430&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_18&nbsp;&nbsp;

0.02950&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_18&nbsp;&nbsp;

0.02950&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.01180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp;

-0.12560&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_22&nbsp;&nbsp; 0.13300&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp; -0.17040&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11<br>

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_22&nbsp;&nbsp; 0.14300&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp; -0.10720&nbsp;&nbsp;&nbsp;

13<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

F&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_16&nbsp; -0.21700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp; -0.17040&nbsp;&nbsp;&nbsp;

15<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_22&nbsp;&nbsp; 0.14300&nbsp;&nbsp;&nbsp;

16<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp; -0.12560&nbsp;&nbsp;&nbsp;

17<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_22&nbsp;&nbsp; 0.13300&nbsp;&nbsp;&nbsp;

18<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.59730&nbsp;&nbsp;&nbsp;

19<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

O&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_41&nbsp; -0.56790&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>[ bonds ]<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CB&nbsp;&nbsp;

HB1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CB&nbsp;&nbsp;

HB2<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CG&nbsp;&nbsp; CD1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CG&nbsp;&nbsp; CD2<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CD1&nbsp;&nbsp;

HD1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CD1&nbsp;&nbsp;

CE1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CE1&nbsp;&nbsp;

HE1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CZ&nbsp;&nbsp; CE2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CE2&nbsp;&nbsp;

HE2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CE2&nbsp;&nbsp;

CD2<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CD2&nbsp;&nbsp;

HD2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

-C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>[ dihedrals

]<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+H&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+H&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

-C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_3<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

-C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_4<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;

+CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;

+CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp; CD1&nbsp;

CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CD1&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

F&nbsp;&nbsp;&nbsp; aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

CE1&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CE2&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;

HD1&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>HD2&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>HE1&nbsp;

CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp; HE2&nbsp;

CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp; HD1&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> HD2&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> HD1&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CD1&nbsp;&nbsp;

CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp; CE1&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;

CD1&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

aromatic_prop_1<br>

&nbsp;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>[ impropers

]<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

-C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CE2&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; HD2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CZ&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp; HE2<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CE1&nbsp;&nbsp;

CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp; HE1<br>

&nbsp;&nbsp;

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CG&nbsp;&nbsp;

CE1&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; HD1<br>

&nbsp;

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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab> CD1&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<br>

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