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  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

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<blockquote cite="mid44F5D155.40407@mccammon.ucsd.edu" type="cite">Hi

GXM Users,

  <br>

  <br>

I'm trying to execute some AFM pulling.&nbsp; My index file contains two

groups, [TopPeptide]&nbsp; and [DMPC].&nbsp;&nbsp; I execute grompp, then when I try

to execute mdrun:

  <br>

  <br>

  <b>[ababakha@chemcca50 SteeredMD]$ mdrun -s SMD-01.tpr -o SMD-01 -c

AfterSMD-01 -e SMD-01 -g SMD-01 -pi PeptidePull.ppa -pn System.ndx -po

PeptidePull -pdo PeptidePull

  </b><br>

  <br>

I get a prompt, asking me to select groups:

  <br>

  <br>

  <b>Back Off! I just backed up SMD-01.edr to ./#SMD-01.edr.3#

  <br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp; TopPeptide) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72 elements

  <br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMPC) has&nbsp; 5888 elements

  <br>

Select a group: 0

  </b><br>

  <br>

My question is:&nbsp; If I've already specified the group and the reference

group (in the PeptidePull.ppa file, which I've pasted below for your

reference) and if these groups are defined in the System.ndx file, then

why am I being prompted to select a group???&nbsp; (incidently, when I do

select a group, I get several warnings that state "Unkown left-hand

afm_rate (or afm_k1, or afm_direction, etc etc) in parameter file".&nbsp;

Seems like it's not reading my PeptidePull.ppa file correctly).

  <br>

  <br>

Would greatly appreciate any assistance,

  <br>

  <br>

Arneh

  <br>

  <br>

; GENERAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no

  <br>

Skip steps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1

  <br>

; Runtype: afm, constraint, umbrella

  <br>

runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = afm

  <br>

; Number of pull groups

  <br>

ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1

  <br>

; Groups to be pulled&nbsp;&nbsp; group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = TopPeptide

  <br>

; The group for the reaction force.

  <br>

reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = DMPC

  <br>

; Weights for all atoms in each group (default all 1)

  <br>

weights_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =

  <br>

reference_weights&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =

  <br>

; Ref. type: com, com_t0, dynamic, dynamic_t0

  <br>

reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com_t0

  <br>

; Use running average for reflag steps for com calculation

  <br>

reflag&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10

  <br>

; Select components for the pull vector. default: Y Y Y

  <br>

pulldim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y

  <br>

; DYNAMIC REFERENCE GROUP OPTIONS

  <br>

; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)

  <br>

r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0

  <br>

; Switch from r to rc in case of dynamic reaction force

  <br>

rc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0

  <br>

; Update frequency for dynamic reference groups (steps)

  <br>

update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1

  <br>

  <br>

; CONSTRAINT RUN OPTIONS

  <br>

; Direction, default: 0 0 0, no direction

  <br>

constraint_direction&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0

  <br>

; Constraint distance (nm), default: 0, use starting distance

  <br>

constraint_distance1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0

  <br>

; Rate of chance of the constraint length, in nm/ps

  <br>

constraint_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0

  <br>

; Tolerance of constraints, in nm

  <br>

constraint_tolerance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-06

  <br>

  <br>

; AFM OPTIONS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Pull rates in nm/ps&nbsp;&nbsp; afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 0.0064

  <br>

; Force constants in kJ/(mol*nm^2)

  <br>

afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500

  <br>

; Directions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0 0 -1

  <br>

; Initial spring positions

  <br>

afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.40434290838 0.41850681958 3.19817446605

  <br>

  <br>

; UMBRELLA SAMPLING OPTIONS

  <br>

; Force constants for umbrella sampling in kJ/(mol*nm^2)

  <br>

; Centers of umbrella potentials with respect to reference:

  <br>

; Ref - Pull.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; K1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0

  <br>

Pos1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0

  <br>

  <br>

</blockquote>

</body>

</html>