<HTML dir=ltr><HEAD><TITLE>[gmx-users] OPLS-AA Charge Calculation</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1543" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText89688 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Dear Tom,</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp; </FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I read your e-mail in the gmx-users mailing list, and decided to answer in a personal mail.</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>(I am not eager to appear on that list...)</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; In my opinion, your approach is basically correct. It is a matter of consideration whether the</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>RHF/6-31G* level for geometry oprimization is correct. Generally, for a POSITIVELY charged</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>closed shell system RHF/6-31G* may be acceptable. If the ion is negatively charged, consideration of diffuse functions are needed. What I normally do, I perform the optimization</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>with both basis sets, and see if the geometry differs.</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; The next problem: do you want to study your molecule in the gas phase of in solution? The HF/6-31G* optimization and charge derivation was suggested by the Jorgensen group, because the dipole moment at this </FONT><FONT face=Arial size=2>level (optimization performed in the gas-phase)&nbsp;is exaggareted by about 20% and </FONT><FONT face=Arial size=2>this overestimation accounts for some polarization appearing in solution. Thus this calculation may provide acceptable charges for in-water calculations, but probably not for gas-phase or in non-polar solution.</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; I noticed that you created the CHELPG ELPO map, and then recalculated the charges with a</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>RESP fit. I assume that the CHELPG and the RESP charges differ quite remarkably. My recent</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>experience is that the CHELPG charges provide too polar charge distribution, and the RESP </FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>charges derived in this way may serve better. But if the two sets, CHELPG and RESP differ</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>too much,&nbsp;you would need an independent verification of the preference. </FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>&nbsp; I am interested in this problem, and if you want you may write me in a personal e-mail. We can</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>further discuss the problem, and I could say more if having some idea about your system. Also,</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>B3LYP/6-31G* optimization may be an alternative and/or optimization in solution using the IEF-PCM method. This may be discussed</FONT>&nbsp;if you want to continue this correspondence.</DIV>
<DIV dir=ltr>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr>Best regards</DIV>
<DIV dir=ltr>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr>Peter I. Nagy</DIV>
<DIV dir=ltr>The University of Toledo</DIV>
<DIV dir=ltr>Toledo, OH, 43606, USA</DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of TJ Piggot<BR><B>Sent:</B> Wed 8/30/2006 8:21 AM<BR><B>To:</B> gmx-users@gromacs.org<BR><B>Subject:</B> [gmx-users] OPLS-AA Charge Calculation<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>
<P><FONT size=2>Hi all,<BR><BR>I am trying to calculate partial charges of a ligand for the OPLS-AA/L<BR>forcefield. I have searched the mailing lists and literature and would like<BR>to confirm that the approach i am going to take is a sensible and accurate<BR>one.<BR><BR>Firstly i take an all atom structure of the ligand and minimise in<BR>gaussian03 using the RHF method and 6-31G* basis set (is this a suitable<BR>level of theory for my charged ligand of 43 atoms?).<BR><BR>Then i calculate the electrostatic potential using the CHelpG method and<BR>output it on a grid.<BR><BR>Then use a two stage RESP fitting to calculate the charges.<BR><BR>Thanks for any input you have on this approach<BR><BR>Tom Piggot<BR><BR>----------------------<BR>TJ Piggot<BR>t.piggot@bristol.ac.uk<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR></FONT></P></DIV></BODY></HTML>