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&gt; Date: Thu, 31 Aug 2006 17:38:37 +0200<BR>&gt; From: lists@vrbka.net<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: [gmx-users] own forcefield and pairs<BR>&gt; <BR>&gt; hi&nbsp;guys,<BR>&gt; <BR>&gt; i&nbsp;have&nbsp;(probably&nbsp;stupid)&nbsp;question,&nbsp;but&nbsp;i'm&nbsp;struggling&nbsp;with&nbsp;it&nbsp;for&nbsp;some&nbsp;<BR>&gt; days&nbsp;now&nbsp;without&nbsp;success...<BR>&gt; <BR>&gt; i&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;create&nbsp;a&nbsp;forcefield.&nbsp;everything&nbsp;is&nbsp;ok&nbsp;except&nbsp;the&nbsp;pairs,&nbsp;of&nbsp;<BR>&gt; course.&nbsp;the&nbsp;forcefield&nbsp;should&nbsp;be&nbsp;used&nbsp;for&nbsp;simulations&nbsp;with&nbsp;a&nbsp;specific&nbsp;<BR>&gt; water&nbsp;model&nbsp;(nada&nbsp;and&nbsp;van&nbsp;der&nbsp;eerden&nbsp;6&nbsp;center)&nbsp;-&nbsp;works&nbsp;fine&nbsp;-&nbsp;and&nbsp;some&nbsp;<BR>&gt; 'contaminant'&nbsp;-&nbsp;nacl&nbsp;(that's&nbsp;easy)&nbsp;and&nbsp;probably&nbsp;simple&nbsp;aliphatic&nbsp;<BR>&gt; alcohols&nbsp;-&nbsp;and&nbsp;here&nbsp;comes&nbsp;the&nbsp;problem.<BR>&gt; <BR>&gt; relevant&nbsp;excerpts&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;topology&nbsp;are&nbsp;pasted&nbsp;at&nbsp;the&nbsp;end&nbsp;(some&nbsp;numbers&nbsp;<BR>&gt; are&nbsp;probably&nbsp;wrong,&nbsp;so&nbsp;don't&nbsp;count&nbsp;on&nbsp;the&nbsp;factual&nbsp;correctness&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt; potential).<BR>&gt; <BR>&gt; the&nbsp;alcohol&nbsp;'strategy'&nbsp;is&nbsp;taken&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;ffgmx&nbsp;file&nbsp;(i.e.&nbsp;CH3&nbsp;as&nbsp;a&nbsp;<BR>&gt; single&nbsp;atom).&nbsp;now&nbsp;if&nbsp;i&nbsp;use&nbsp;gen-pairs&nbsp;yes,&nbsp;i&nbsp;guess&nbsp;i&nbsp;shouldn't&nbsp;have&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt; [pairs]&nbsp;section&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;5OL.&nbsp;with&nbsp;gen-pairs=no,&nbsp;i&nbsp;should&nbsp;probably&nbsp;have&nbsp;<BR>&gt; the&nbsp;[pairs]&nbsp;section&nbsp;for&nbsp;all&nbsp;1-4&nbsp;interactions.&nbsp;but&nbsp;what&nbsp;values&nbsp;should&nbsp;be&nbsp;<BR>&gt; given&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;[pairs]&nbsp;section&nbsp;c6&nbsp;and&nbsp;c12&nbsp;parameters?&nbsp;the&nbsp;example&nbsp;in&nbsp;<BR>&gt; manual&nbsp;(urea)&nbsp;has&nbsp;all&nbsp;zeroes&nbsp;there,&nbsp;however&nbsp;i&nbsp;don't&nbsp;know&nbsp;whether&nbsp;it's&nbsp;<BR>&gt; intentional&nbsp;or&nbsp;not.<BR>&gt; <BR>&gt; funny&nbsp;enough,&nbsp;all&nbsp;3&nbsp;possibilities&nbsp;(gen-pairs&nbsp;yes,&nbsp;no&nbsp;[pairs];&nbsp;gen-pairs&nbsp;<BR>&gt; no,&nbsp;[pairs];&nbsp;gen-pairs&nbsp;no,&nbsp;no&nbsp;[pairs])&nbsp;give&nbsp;me&nbsp;the&nbsp;same&nbsp;numbers...&nbsp;but&nbsp;<BR>&gt; that&nbsp;might&nbsp;be&nbsp;as&nbsp;well&nbsp;as&nbsp;a&nbsp;consequence&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;initial&nbsp;structure...<BR>&gt; <BR>&gt; so&nbsp;i'm&nbsp;confused&nbsp;now&nbsp;and&nbsp;i&nbsp;don't&nbsp;know&nbsp;what&nbsp;setup&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;correct&nbsp;one.&nbsp;i&nbsp;<BR>&gt; would&nbsp;be&nbsp;really&nbsp;glad&nbsp;if&nbsp;someone&nbsp;could&nbsp;point&nbsp;me&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;right&nbsp;direction....<BR>&gt; <BR>&gt; thanks&nbsp;in&nbsp;advance.&nbsp;best&nbsp;regards,<BR>&gt; lubos<BR>&gt; <BR>&gt; &nbsp;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;excerpts&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;topology&nbsp;follow<BR>&gt; <BR>&gt; [&nbsp;defaults&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fudgeLJ&nbsp;fudgeQQ<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0<BR>&gt; <BR>&gt; ;<BR>&gt; [&nbsp;atomtypes&nbsp;]<BR>&gt; ...<BR>&gt; ;<BR>&gt; ;&nbsp;organic&nbsp;contaminant<BR>&gt; ffv_ch2&nbsp;CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.02700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.90975E-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.35333E-04<BR>&gt; ffv_ch3&nbsp;CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.03500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.88765E-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.26150E-04<BR>&gt; ffv_oh&nbsp;&nbsp;OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.22617E-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15062E-05<BR>&gt; ffv_hh&nbsp;&nbsp;HH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00000E+00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00000E+00<BR>&gt; <BR>&gt; [&nbsp;moleculetype&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;nrexcl<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3<BR>&gt; <BR>&gt; [&nbsp;atoms&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;id&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;at&nbsp;type&nbsp;res&nbsp;nr&nbsp;&nbsp;resname&nbsp;at&nbsp;name&nbsp;cg&nbsp;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge<BR>&gt; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_hh&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.398<BR>&gt; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_oh&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.548<BR>&gt; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_ch2&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.150<BR>&gt; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_ch2&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000<BR>&gt; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_ch2&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000<BR>&gt; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_ch2&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000<BR>&gt; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ffv_ch3&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5OL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000<BR>&gt; <BR>&gt; [&nbsp;bonds&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;b0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kb<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.10000&nbsp;313800.<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.14300&nbsp;334720.<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15300&nbsp;334720.<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15300&nbsp;334720.<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15300&nbsp;334720.<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15300&nbsp;334720.<BR>&gt; <BR>&gt; [&nbsp;angles&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;th0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cth<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.500&nbsp;397.480<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.500&nbsp;460.240<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.000&nbsp;460.240<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.000&nbsp;460.240<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.000&nbsp;460.240<BR>&gt; [&nbsp;dihedrals&nbsp;]<BR>&gt; ;&nbsp;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;phi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mult<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.255&nbsp;&nbsp;&nbsp;3<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;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