; ; File 'topol.top' was generated ; By user: singh (1000) ; On host: takshak ; At date: Fri Sep 1 18:20:01 2006 ; ; This is your topology file ; "I Quit My Job Blowing Leaves" (Beck) ; ; Include forcefield parameters #include "ffoplsaa.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 opls_135 1 ACE CH3 1 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 2 opls_140 1 ACE HH31 1 0.06 1.008 ; qtot -0.12 3 opls_140 1 ACE HH32 1 0.06 1.008 ; qtot -0.06 4 opls_140 1 ACE HH33 1 0.06 1.008 ; qtot 0 5 opls_235 1 ACE C 2 0.5 12.011 ; qtot 0.5 6 opls_236 1 ACE O 2 -0.5 15.9994 ; qtot 0 7 opls_238 2 PHE N 3 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 8 opls_241 2 PHE H 3 0.3 1.008 ; qtot -0.2 9 opls_224B 2 PHE CA 3 0.14 12.011 ; qtot -0.06 10 opls_140 2 PHE HA 3 0.06 1.008 ; qtot 0 11 opls_149 2 PHE CB 4 -0.005 12.011 ; qtot -0.005 12 opls_140 2 PHE HB1 4 0.06 1.008 ; qtot 0.055 13 opls_140 2 PHE HB2 4 0.06 1.008 ; qtot 0.115 14 opls_145 2 PHE CG 4 -0.115 12.011 ; qtot 0 15 opls_145 2 PHE CD1 5 -0.115 12.011 ; qtot -0.115 16 opls_146 2 PHE HD1 5 0.115 1.008 ; qtot 0 17 opls_145 2 PHE CD2 6 -0.115 12.011 ; qtot -0.115 18 opls_146 2 PHE HD2 6 0.115 1.008 ; qtot 0 19 opls_145 2 PHE CE1 7 -0.115 12.011 ; qtot -0.115 20 opls_146 2 PHE HE1 7 0.115 1.008 ; qtot 0 21 opls_145 2 PHE CE2 8 -0.115 12.011 ; qtot -0.115 22 opls_146 2 PHE HE2 8 0.115 1.008 ; qtot 0 23 opls_145 2 PHE CZ 9 -0.115 12.011 ; qtot -0.115 24 opls_146 2 PHE HZ 9 0.115 1.008 ; qtot 0 25 opls_235 2 PHE C 10 0.5 12.011 ; qtot 0.5 26 opls_236 2 PHE O 10 -0.5 15.9994 ; qtot 0 27 opls_238 3 LEU N 11 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 28 opls_241 3 LEU H 11 0.3 1.008 ; qtot -0.2 29 opls_224B 3 LEU CA 11 0.14 12.011 ; qtot -0.06 30 opls_140 3 LEU HA 11 0.06 1.008 ; qtot 0 31 opls_136 3 LEU CB 12 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 32 opls_140 3 LEU HB1 12 0.06 1.008 ; qtot -0.06 33 opls_140 3 LEU HB2 12 0.06 1.008 ; qtot 0 34 opls_137 3 LEU CG 13 -0.06 12.011 ; qtot -0.06 35 opls_140 3 LEU HG 13 0.06 1.008 ; qtot 0 36 opls_135 3 LEU CD1 14 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 37 opls_140 3 LEU HD11 14 0.06 1.008 ; qtot -0.12 38 opls_140 3 LEU HD12 14 0.06 1.008 ; qtot -0.06 39 opls_140 3 LEU HD13 14 0.06 1.008 ; qtot 0 40 opls_135 3 LEU CD2 15 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 41 opls_140 3 LEU HD21 15 0.06 1.008 ; qtot -0.12 42 opls_140 3 LEU HD22 15 0.06 1.008 ; qtot -0.06 43 opls_140 3 LEU HD23 15 0.06 1.008 ; qtot 0 44 opls_235 3 LEU C 16 0.5 12.011 ; qtot 0.5 45 opls_236 3 LEU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot 0 46 opls_238 4 VAL N 17 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 47 opls_241 4 VAL H 17 0.3 1.008 ; qtot -0.2 48 opls_224B 4 VAL CA 17 0.14 12.011 ; qtot -0.06 49 opls_140 4 VAL HA 17 0.06 1.008 ; qtot 0 50 opls_137 4 VAL CB 18 -0.06 12.011 ; qtot -0.06 51 opls_140 4 VAL HB 18 0.06 1.008 ; qtot 0 52 opls_135 4 VAL CG1 19 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 53 opls_140 4 VAL HG11 19 0.06 1.008 ; qtot -0.12 54 opls_140 4 VAL HG12 19 0.06 1.008 ; qtot -0.06 55 opls_140 4 VAL HG13 19 0.06 1.008 ; qtot 0 56 opls_135 4 VAL CG2 20 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 57 opls_140 4 VAL HG21 20 0.06 1.008 ; qtot -0.12 58 opls_140 4 VAL HG22 20 0.06 1.008 ; qtot -0.06 59 opls_140 4 VAL HG23 20 0.06 1.008 ; qtot 0 60 opls_235 4 VAL C 21 0.5 12.011 ; qtot 0.5 61 opls_236 4 VAL O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 0 62 opls_238 5 HISA N 22 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 63 opls_241 5 HISA H 22 0.3 1.008 ; qtot -0.2 64 opls_224B 5 HISA CA 22 0.14 12.011 ; qtot -0.06 65 opls_140 5 HISA HA 22 0.06 1.008 ; qtot 0 66 opls_505 5 HISA CB 23 -0.297 12.011 ; qtot -0.297 67 opls_140 5 HISA HB1 23 0.06 1.008 ; qtot -0.237 68 opls_140 5 HISA HB2 23 0.06 1.008 ; qtot -0.177 69 opls_508 5 HISA CG 24 -0.261 12.011 ; qtot -0.438 70 opls_503 5 HISA ND1 25 -0.291 14.0067 ; qtot -0.729 71 opls_504 5 HISA HD1 25 0.326 1.008 ; qtot -0.403 72 opls_507 5 HISA CD2 26 0.504 12.011 ; qtot 0.101 73 opls_146 5 HISA HD2 26 0.183 1.008 ; qtot 0.284 74 opls_506 5 HISA CE1 27 0.182 12.011 ; qtot 0.466 75 opls_146 5 HISA HE1 27 0.098 1.008 ; qtot 0.564 76 opls_511 5 HISA NE2 28 -0.564 14.0067 ; qtot 0 77 opls_235 5 HISA C 29 0.5 12.011 ; qtot 0.5 78 opls_236 5 HISA O 29 -0.5 15.9994 ; qtot 0 79 opls_238 6 SER N 30 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 80 opls_241 6 SER H 30 0.3 1.008 ; qtot -0.2 81 opls_224B 6 SER CA 30 0.14 12.011 ; qtot -0.06 82 opls_140 6 SER HA 30 0.06 1.008 ; qtot 0 83 opls_157 6 SER CB 31 0.145 12.011 ; qtot 0.145 84 opls_140 6 SER HB1 31 0.06 1.008 ; qtot 0.205 85 opls_140 6 SER HB2 31 0.06 1.008 ; qtot 0.265 86 opls_154 6 SER OG 32 -0.683 15.9994 ; qtot -0.418 87 opls_155 6 SER HG 32 0.418 1.008 ; qtot 0 88 opls_235 6 SER C 33 0.5 12.011 ; qtot 0.5 89 opls_236 6 SER O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 0 90 opls_238 7 NAC N 34 -0.5 14.0067 ; qtot -0.5 91 opls_241 7 NAC H 34 0.3 1.008 ; qtot -0.2 92 opls_242 7 NAC CH3 35 0.02 12.011 ; qtot -0.18 93 opls_140 7 NAC HH31 35 0.06 1.008 ; qtot -0.12 94 opls_140 7 NAC HH32 35 0.06 1.008 ; qtot -0.06 95 opls_140 7 NAC HH33 35 0.06 1.008 ; qtot 0 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 2 1 1 3 1 1 4 1 1 5 1 5 6 1 5 7 1 7 8 1 7 9 1 9 10 1 9 11 1 9 25 1 11 12 1 11 13 1 11 14 1 14 15 1 14 17 1 15 16 1 15 19 1 17 18 1 17 21 1 19 20 1 19 23 1 21 22 1 21 23 1 23 24 1 25 26 1 25 27 1 27 28 1 27 29 1 29 30 1 29 31 1 29 44 1 31 32 1 31 33 1 31 34 1 34 35 1 34 36 1 34 40 1 36 37 1 36 38 1 36 39 1 40 41 1 40 42 1 40 43 1 44 45 1 44 46 1 46 47 1 46 48 1 48 49 1 48 50 1 48 60 1 50 51 1 50 52 1 50 56 1 52 53 1 52 54 1 52 55 1 56 57 1 56 58 1 56 59 1 60 61 1 60 62 1 62 63 1 62 64 1 64 65 1 64 66 1 64 77 1 66 67 1 66 68 1 66 69 1 69 70 1 69 72 1 70 71 1 70 74 1 72 73 1 72 76 1 74 75 1 74 76 1 77 78 1 77 79 1 79 80 1 79 81 1 81 82 1 81 83 1 81 88 1 83 84 1 83 85 1 83 86 1 86 87 1 88 89 1 88 90 1 90 91 1 90 92 1 92 93 1 92 94 1 92 95 1 [ pairs ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 8 1 1 9 1 2 6 1 2 7 1 3 6 1 3 7 1 4 6 1 4 7 1 5 10 1 5 11 1 5 25 1 6 8 1 6 9 1 7 12 1 7 13 1 7 14 1 7 26 1 7 27 1 8 10 1 8 11 1 8 25 1 9 15 1 9 17 1 9 28 1 9 29 1 10 12 1 10 13 1 10 14 1 10 26 1 10 27 1 11 16 1 11 18 1 11 19 1 11 21 1 11 26 1 11 27 1 12 15 1 12 17 1 12 25 1 13 15 1 13 17 1 13 25 1 14 20 1 14 22 1 14 23 1 14 25 1 15 18 1 15 21 1 15 24 1 16 17 1 16 20 1 16 23 1 17 19 1 17 24 1 18 22 1 18 23 1 19 22 1 20 21 1 20 24 1 22 24 1 25 30 1 25 31 1 25 44 1 26 28 1 26 29 1 27 32 1 27 33 1 27 34 1 27 45 1 27 46 1 28 30 1 28 31 1 28 44 1 29 35 1 29 36 1 29 40 1 29 47 1 29 48 1 30 32 1 30 33 1 30 34 1 30 45 1 30 46 1 31 37 1 31 38 1 31 39 1 31 41 1 31 42 1 31 43 1 31 45 1 31 46 1 32 35 1 32 36 1 32 40 1 32 44 1 33 35 1 33 36 1 33 40 1 33 44 1 34 44 1 35 37 1 35 38 1 35 39 1 35 41 1 35 42 1 35 43 1 36 41 1 36 42 1 36 43 1 37 40 1 38 40 1 39 40 1 44 49 1 44 50 1 44 60 1 45 47 1 45 48 1 46 51 1 46 52 1 46 56 1 46 61 1 46 62 1 47 49 1 47 50 1 47 60 1 48 53 1 48 54 1 48 55 1 48 57 1 48 58 1 48 59 1 48 63 1 48 64 1 49 51 1 49 52 1 49 56 1 49 61 1 49 62 1 50 61 1 50 62 1 51 53 1 51 54 1 51 55 1 51 57 1 51 58 1 51 59 1 51 60 1 52 57 1 52 58 1 52 59 1 52 60 1 53 56 1 54 56 1 55 56 1 56 60 1 60 65 1 60 66 1 60 77 1 61 63 1 61 64 1 62 67 1 62 68 1 62 69 1 62 78 1 62 79 1 63 65 1 63 66 1 63 77 1 64 70 1 64 72 1 64 80 1 64 81 1 65 67 1 65 68 1 65 69 1 65 78 1 65 79 1 66 71 1 66 73 1 66 74 1 66 76 1 66 78 1 66 79 1 67 70 1 67 72 1 67 77 1 68 70 1 68 72 1 68 77 1 69 75 1 69 77 1 70 73 1 71 72 1 71 75 1 71 76 1 72 75 1 73 74 1 77 82 1 77 83 1 77 88 1 78 80 1 78 81 1 79 84 1 79 85 1 79 86 1 79 89 1 79 90 1 80 82 1 80 83 1 80 88 1 81 87 1 81 91 1 81 92 1 82 84 1 82 85 1 82 86 1 82 89 1 82 90 1 83 89 1 83 90 1 84 87 1 84 88 1 85 87 1 85 88 1 86 88 1 88 93 1 88 94 1 88 95 1 89 91 1 89 92 1 91 93 1 91 94 1 91 95 1 [ angles ] ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 2 1 3 1 2 1 4 1 2 1 5 1 3 1 4 1 3 1 5 1 4 1 5 1 1 5 6 1 1 5 7 1 6 5 7 1 5 7 8 1 5 7 9 1 8 7 9 1 7 9 10 1 7 9 11 1 7 9 25 1 10 9 11 1 10 9 25 1 11 9 25 1 9 11 12 1 9 11 13 1 9 11 14 1 12 11 13 1 12 11 14 1 13 11 14 1 11 14 15 1 11 14 17 1 15 14 17 1 14 15 16 1 14 15 19 1 16 15 19 1 14 17 18 1 14 17 21 1 18 17 21 1 15 19 20 1 15 19 23 1 20 19 23 1 17 21 22 1 17 21 23 1 22 21 23 1 19 23 21 1 19 23 24 1 21 23 24 1 9 25 26 1 9 25 27 1 26 25 27 1 25 27 28 1 25 27 29 1 28 27 29 1 27 29 30 1 27 29 31 1 27 29 44 1 30 29 31 1 30 29 44 1 31 29 44 1 29 31 32 1 29 31 33 1 29 31 34 1 32 31 33 1 32 31 34 1 33 31 34 1 31 34 35 1 31 34 36 1 31 34 40 1 35 34 36 1 35 34 40 1 36 34 40 1 34 36 37 1 34 36 38 1 34 36 39 1 37 36 38 1 37 36 39 1 38 36 39 1 34 40 41 1 34 40 42 1 34 40 43 1 41 40 42 1 41 40 43 1 42 40 43 1 29 44 45 1 29 44 46 1 45 44 46 1 44 46 47 1 44 46 48 1 47 46 48 1 46 48 49 1 46 48 50 1 46 48 60 1 49 48 50 1 49 48 60 1 50 48 60 1 48 50 51 1 48 50 52 1 48 50 56 1 51 50 52 1 51 50 56 1 52 50 56 1 50 52 53 1 50 52 54 1 50 52 55 1 53 52 54 1 53 52 55 1 54 52 55 1 50 56 57 1 50 56 58 1 50 56 59 1 57 56 58 1 57 56 59 1 58 56 59 1 48 60 61 1 48 60 62 1 61 60 62 1 60 62 63 1 60 62 64 1 63 62 64 1 62 64 65 1 62 64 66 1 62 64 77 1 65 64 66 1 65 64 77 1 66 64 77 1 64 66 67 1 64 66 68 1 64 66 69 1 67 66 68 1 67 66 69 1 68 66 69 1 66 69 70 1 66 69 72 1 70 69 72 1 69 70 71 1 69 70 74 1 71 70 74 1 69 72 73 1 69 72 76 1 73 72 76 1 70 74 75 1 70 74 76 1 75 74 76 1 72 76 74 1 64 77 78 1 64 77 79 1 78 77 79 1 77 79 80 1 77 79 81 1 80 79 81 1 79 81 82 1 79 81 83 1 79 81 88 1 82 81 83 1 82 81 88 1 83 81 88 1 81 83 84 1 81 83 85 1 81 83 86 1 84 83 85 1 84 83 86 1 85 83 86 1 83 86 87 1 81 88 89 1 81 88 90 1 89 88 90 1 88 90 91 1 88 90 92 1 91 90 92 1 90 92 93 1 90 92 94 1 90 92 95 1 93 92 94 1 93 92 95 1 94 92 95 1 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 5 6 3 2 1 5 7 3 3 1 5 6 3 3 1 5 7 3 4 1 5 6 3 4 1 5 7 3 1 5 7 8 3 1 5 7 9 3 6 5 7 8 3 6 5 7 9 3 5 7 9 10 3 5 7 9 11 3 5 7 9 25 3 8 7 9 10 3 8 7 9 11 3 8 7 9 25 3 7 9 11 12 3 7 9 11 13 3 7 9 11 14 3 10 9 11 12 3 10 9 11 13 3 10 9 11 14 3 25 9 11 12 3 25 9 11 13 3 25 9 11 14 3 7 9 25 26 3 7 9 25 27 3 10 9 25 26 3 10 9 25 27 3 11 9 25 26 3 11 9 25 27 3 9 11 14 15 3 9 11 14 17 3 12 11 14 15 3 12 11 14 17 3 13 11 14 15 3 13 11 14 17 3 11 14 15 16 3 11 14 15 19 3 17 14 15 16 3 17 14 15 19 3 11 14 17 18 3 11 14 17 21 3 15 14 17 18 3 15 14 17 21 3 14 15 19 20 3 14 15 19 23 3 16 15 19 20 3 16 15 19 23 3 14 17 21 22 3 14 17 21 23 3 18 17 21 22 3 18 17 21 23 3 15 19 23 21 3 15 19 23 24 3 20 19 23 21 3 20 19 23 24 3 17 21 23 19 3 17 21 23 24 3 22 21 23 19 3 22 21 23 24 3 9 25 27 28 3 9 25 27 29 3 26 25 27 28 3 26 25 27 29 3 25 27 29 30 3 25 27 29 31 3 25 27 29 44 3 28 27 29 30 3 28 27 29 31 3 28 27 29 44 3 27 29 31 34 3 dih_LEU_chi1_N_C_C_C 44 29 31 34 3 dih_LEU_chi1_C_C_C_CO 27 29 31 32 3 27 29 31 33 3 30 29 31 32 3 30 29 31 33 3 30 29 31 34 3 44 29 31 32 3 44 29 31 33 3 27 29 44 45 3 27 29 44 46 3 30 29 44 45 3 30 29 44 46 3 31 29 44 45 3 31 29 44 46 3 29 31 34 35 3 29 31 34 36 3 29 31 34 40 3 32 31 34 35 3 32 31 34 36 3 32 31 34 40 3 33 31 34 35 3 33 31 34 36 3 33 31 34 40 3 31 34 36 37 3 31 34 36 38 3 31 34 36 39 3 35 34 36 37 3 35 34 36 38 3 35 34 36 39 3 40 34 36 37 3 40 34 36 38 3 40 34 36 39 3 31 34 40 41 3 31 34 40 42 3 31 34 40 43 3 35 34 40 41 3 35 34 40 42 3 35 34 40 43 3 36 34 40 41 3 36 34 40 42 3 36 34 40 43 3 29 44 46 47 3 29 44 46 48 3 45 44 46 47 3 45 44 46 48 3 44 46 48 49 3 44 46 48 50 3 44 46 48 60 3 47 46 48 49 3 47 46 48 50 3 47 46 48 60 3 46 48 50 52 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C 46 48 50 56 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C 60 48 50 52 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO 60 48 50 56 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO 46 48 50 51 3 49 48 50 51 3 49 48 50 52 3 49 48 50 56 3 60 48 50 51 3 46 48 60 61 3 46 48 60 62 3 49 48 60 61 3 49 48 60 62 3 50 48 60 61 3 50 48 60 62 3 48 50 52 53 3 48 50 52 54 3 48 50 52 55 3 51 50 52 53 3 51 50 52 54 3 51 50 52 55 3 56 50 52 53 3 56 50 52 54 3 56 50 52 55 3 48 50 56 57 3 48 50 56 58 3 48 50 56 59 3 51 50 56 57 3 51 50 56 58 3 51 50 56 59 3 52 50 56 57 3 52 50 56 58 3 52 50 56 59 3 48 60 62 63 3 48 60 62 64 3 61 60 62 63 3 61 60 62 64 3 60 62 64 65 3 60 62 64 66 3 60 62 64 77 3 63 62 64 65 3 63 62 64 66 3 63 62 64 77 3 62 64 66 69 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C 77 64 66 69 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO 62 64 66 67 3 62 64 66 68 3 65 64 66 67 3 65 64 66 68 3 65 64 66 69 3 77 64 66 67 3 77 64 66 68 3 62 64 77 78 3 62 64 77 79 3 65 64 77 78 3 65 64 77 79 3 66 64 77 78 3 66 64 77 79 3 64 66 69 70 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N 64 66 69 72 3 67 66 69 70 3 67 66 69 72 3 68 66 69 70 3 68 66 69 72 3 66 69 70 71 3 66 69 70 74 3 72 69 70 71 3 72 69 70 74 3 66 69 72 73 3 66 69 72 76 3 70 69 72 73 3 70 69 72 76 3 69 70 74 75 3 69 70 74 76 3 71 70 74 75 3 71 70 74 76 3 69 72 76 74 3 73 72 76 74 3 70 74 76 72 3 75 74 76 72 3 64 77 79 80 3 64 77 79 81 3 78 77 79 80 3 78 77 79 81 3 77 79 81 82 3 77 79 81 83 3 77 79 81 88 3 80 79 81 82 3 80 79 81 83 3 80 79 81 88 3 79 81 83 86 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O 88 81 83 86 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O 79 81 83 84 3 79 81 83 85 3 82 81 83 84 3 82 81 83 85 3 82 81 83 86 3 88 81 83 84 3 88 81 83 85 3 79 81 88 89 3 79 81 88 90 3 82 81 88 89 3 82 81 88 90 3 83 81 88 89 3 83 81 88 90 3 81 83 86 87 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO 84 83 86 87 3 85 83 86 87 3 81 88 90 91 3 81 88 90 92 3 89 88 90 91 3 89 88 90 92 3 88 90 92 93 3 88 90 92 94 3 88 90 92 95 3 91 90 92 93 3 91 90 92 94 3 91 90 92 95 3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 1 7 5 6 1 improper_O_C_X_Y 5 9 7 8 1 improper_Z_N_X_Y 9 27 25 26 1 improper_O_C_X_Y 11 14 17 15 1 improper_Z_CA_X_Y 14 19 15 16 1 improper_Z_CA_X_Y 14 21 17 18 1 improper_Z_CA_X_Y 15 23 19 20 1 improper_Z_CA_X_Y 17 23 21 22 1 improper_Z_CA_X_Y 19 21 23 24 1 improper_Z_CA_X_Y 25 29 27 28 1 improper_Z_N_X_Y 29 46 44 45 1 improper_O_C_X_Y 44 48 46 47 1 improper_Z_N_X_Y 48 62 60 61 1 improper_O_C_X_Y 60 64 62 63 1 improper_Z_N_X_Y 64 79 77 78 1 improper_O_C_X_Y 66 69 72 70 1 improper_Z_CA_X_Y 69 74 70 71 1 improper_Z_N_X_Y 69 76 72 73 1 improper_Z_CA_X_Y 70 76 74 75 1 improper_Z_CA_X_Y 77 81 79 80 1 improper_Z_N_X_Y 81 90 88 89 1 improper_O_C_X_Y 88 92 90 91 1 improper_Z_N_X_Y ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include water topology #include "spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name Protein [ molecules ] ; Compound #mols Protein 1