<p>Hi all,<br /><br />I have two questions about PMF calculations. <br /><br
/>1) Which one is more suggested for an AFM pull simulation, an NVT or an NPT
ensemble? I am trying both vacuo and solvated runs (with OPLS-AA ff). <br /><br
/>2) My second question is about solvation: I found out that pulling action is
much smoother in solvent than in vacuo. It may be bad to have energy and rms
jumps in vacuo. On the other hand, I think it would be
better&nbsp;for&nbsp;estimating forces and energy differences with an abrupt
change in the system. What is you opinion about effects of solvation?<br /><br
/>Thanks in advance<br />Murat Cetinkaya</p>