Hi David,<br><br>I think maybe the virtual site is suitable for NO3-. But how about PF6-?&nbsp; Please see the .itp file for the PF6-, which is wroten by myself.<br>1. Because all the bond-length are constrainted,&nbsp; there is no energy term in the .itp file. Therefore it is not a problem of energy term, I think.
<br>2. Except the bond-length, the angles F-P-F should be constrainted to be 90 or 180.<br><br>*********** .itp file*********************<br>[ moleculetype ]<br>; Name PF6- <br>PFN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;&nbsp; resid&nbsp;&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_977&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp;&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.34&nbsp;&nbsp; 30.97376<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -
0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp; FAA6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.39&nbsp;&nbsp; 18.99840<br><br>[ constraints ] 
<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1560<br><br>; The structure of PF6- is Octahedral<br>[ constraints ]
<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3120<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3120<br>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.2206<br>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206<br>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3120<br>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206&nbsp; <br>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206&nbsp; <br>&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2206&nbsp; <br><br>******************* .top file******************
<br>;the force field files to be included<br>#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br><br><br>; include the PF6- topology<br>#include &quot;PFN.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>PFN<br><br>[ molecules ]<br>; molecule name&nbsp;&nbsp; number
<br>&nbsp; PFN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>****************************************<br><br><br><div><span class="gmail_quote">2006/8/30, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Qiao Baofu wrote:<br>&gt; Hi All,<br>&gt;<br>&gt; In my simulation, the NO3- is used, in which the three N-O bond length
<br>&gt; is constraints. And a planar triangular structure is used.<br>&gt; I used the type &quot;1&quot; of [ constraints ] to constraint the bond length.<br>&gt; Because I only find angle constraints which is used on H-involved angles,
<br>&gt; I used the type &quot;2&quot; of [ constraints ] to constraint the length between<br>&gt; Os.&nbsp;&nbsp;(The distance is calculated from the triangular structure). After<br>&gt; the Energy Minimization, all the bong length become very long (much
<br>&gt; bigger than the box length).&nbsp;&nbsp; Who knows how to solve it?<br>&gt;<br><br>You probably have an error in the topology. Check energy terms.<br><br>However, you probably should consider modeling this using either an<br>
improper dihedral to keep the N in the plane or, if you want to keep the<br>molecule planar at every time use a virtual site representation for the N.<br><br>&gt; Sincerely yours,<br>&gt; Baofu Qiao, PhD<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br>
<br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>Baofu Qiao, PhD<br>