
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2800.1561" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>Hi all:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>I built a topol file for tip5p water accordint 


to tip5p.itp which is designed for OPLS.But when i used grompp to built a tpr 


file,&nbsp;three errors came even the system just have one tip5p 


water.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>The error is :</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>ERROR 1 [file "topol.top", line 


10]:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>&nbsp; atom OW &lt;Res SOL-1&gt; has mass 


0</FONT></DIV>


<DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>ERROR&nbsp;2 [file "topol.top", line 


10]:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>&nbsp; atom&nbsp;HW1 &lt;Res SOL-1&gt; has mass 


0</FONT></DIV>


<DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>ERROR&nbsp;3 [file "topol.top", line 


10]:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>&nbsp; atom&nbsp;HW2 &lt;Res SOL-1&gt; has mass 


0</FONT></DIV></DIV></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>In fact, the mass for all above atoms were all 


defined in atp file. How can i fix it? Thanks a lot.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>The build steps are follows:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>1.&nbsp;Named the atom type in new tip5p.itp. 


Add them to ffG53a6.atp and ffG53a6nb.itp.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>In tip5p.itp:</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res 


nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at 


name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cg nr&nbsp;&nbsp; 


charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5p_O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


5p_H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.241<BR>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5p_H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.241<BR>4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5p_L&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


OL1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.241<BR>5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


5p_L&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


OL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.241<BR></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>In ffG53a6.atp </FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>&nbsp;5p_O&nbsp; 15.99940 


;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O TIP5P Water<BR>&nbsp;5p_H&nbsp;&nbsp; 1.00800 


;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H TIP5P Water<BR>&nbsp;5p_L&nbsp;&nbsp; 0.00000 


;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; L TIP5P Water<BR></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>In ffG53a6nb.itp</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>&nbsp;5p_O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


8&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 


2.470013e-03&nbsp; 2.278383e-06<BR>&nbsp;5p_H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0<BR>&nbsp;5p_L&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 </DIV></FONT>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>2. Write top file.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>#include "ffG53a6.itp"<BR>#include 


"tip5p_.itp"&nbsp; </FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>[ system ]<BR>; Name<BR>Protein</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>[ molecules ]<BR>; 


Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


#mols<BR>&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>3. Built gro</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 


0.321&nbsp;&nbsp; 1.614&nbsp;&nbsp; 0.603 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.377&nbsp;&nbsp; 


1.643&nbsp;&nbsp; 0.675 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.258&nbsp;&nbsp; 1.555&nbsp;&nbsp; 0.645 


<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; OL1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


4&nbsp;&nbsp; 0.358&nbsp;&nbsp; 1.581&nbsp;&nbsp; 0.554 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; OL2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.288&nbsp;&nbsp; 


1.669&nbsp;&nbsp; 0.574 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5 0.5 0.5<BR>&nbsp;4. grompp -f 


em.mdp</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000>Then the errors came.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 color=#008000></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=幼圆 


color=#008000>*************************************************<BR>Ji 


Qing<BR>Institute of Chemistry, Chinese Academy of Sciences<BR>Tel: 


0086-10-62562894&nbsp; 


，82618423<BR>*************************************************</FONT></DIV></BODY></HTML>