<DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi dear friends,</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I just made an essential dynamics of 5ns; I calculated the cosine content of PC1 by&nbsp;using</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>g_analyze -f proj5ns.xvg -cc proj5ns_cc.xvg</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>it gave: </FONT><FONT face=Arial size=2>"Cosine content of set 1 with 0.5 periods: 0.749969"</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>the value&nbsp;is rather too high. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>However, I found&nbsp;that only trajectory&nbsp;between 3300~3890 ps is useful, so I calculated the cosine content&nbsp;during this period using</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>g_analyze -f proj5ns.xvg -cc proj5ns_cc.xvg -b 3300 -e 3890</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>and it gave: "Cosine content of set 1 with 0.5 periods: 0.297911"</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I want to know whether the essential dynamics&nbsp;is meaningful? The cosine content of whole 5&nbsp;ns is relative high, does it mean that the whole trajectory is not&nbsp;meaningful? In another word, is it reasonable to use "-b" and "-e" in the cosine content calculation?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Stanley&nbsp;Yan</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><SPAN ></SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">买 房 租 房 二 手 房 请 登 陆 房 老 大</font>
        <br>
         <a href="http://adclient.163.com/event.ng/Type=click&FlightID=67957&AdID=69760&TargetID=2113&Values=31,43,51,60,72,78,85,100,110,312,332,568,588,700,702,733,734&Redirect=http://www.foloda.com" target="_blank" style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue">登 陆 房 老 大 ，房 源 遍 天 下 ！房 老 大 - 首 家 专 业 房 源 搜 索 引 擎 ！
</a>