&nbsp;Hi,<br> &nbsp;maybe I am misunderstanding either the manual or the topic.. but - in my world -<br> &nbsp;I never stop being puzzled by the part of chapt 6 in the manual which apparently<br> &nbsp;says that such distance constraining is possible even though it (seems) to be<br> &nbsp;secretly known that it is _not_ possible unless one uses the method suggested<br> &nbsp;below.<br> &nbsp;I believe, I suggest adding a comment in the manual.<br> <br> &nbsp;-Soren<br><br><b><i>Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;</i></b> skrev:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Hi Kanin,<br><br>The only way to get away with that is to merge your two parts to form<br>one molecule, with the only connection being a distance_restraint (or<br>another bonded term if you want to emulate bond-like behaviour such as<br>a salt-bridge).<br><br>Best,<br><br>Tsjerk<br><br>On 9/11/06, kanin wichapong <kwichapong
 @gmail.com=""> wrote:<br>&gt; Dear All<br>&gt;         I would like to know how to constraint the distance between the<br>&gt; different molecule, ex. the ligand and the protein. As far as I know<br>&gt; whatever to do the constraint, distance, angle dihedral, it can do just in<br>&gt; the same molecule.<br>&gt;         Thank you in advance for all of your help.<br>&gt;<br>&gt; With Best all regard,<br>&gt; Kanin<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt;<br>&gt;<br><br><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical
 Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></kwichapong></blockquote><br>