Hi All,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I would like to know how to make a distance constraint between the ligand and the protein. If I just merge two chain together by pdb2gmx, it can done if the two chain are both protein. However, if it is a ligand and protein, i can't merge together because there is no libraly for the ligand force field and then it can't generate the .itp or .top file 
<br><br>Best Regard<br>Kanin <br>&nbsp;&nbsp; <br>