<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>In fact I simulated 30 nanoseconds, but I found the system reached equilibrium at 4.4 ns (by analyzing RMSD, Energy and visualizing, etc.)&nbsp;and&nbsp;did not change significantly in the last 25 ns. Thus I want to do an essential dynamics for the first 5 ns.</DIV>
<DIV>I also calculated the covariance matrix for the whole 30 nanoseconds, but the cosine content of PC1 is still as high as 0.710. However,&nbsp;MD simulation longer&nbsp;than 30 ns is beyond our compute&nbsp;ability. Then what shall I do?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><SPAN></SPAN>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #a0c6e5 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
<HR color=#a0c6e5 SIZE=1>
<BR>Original message:"David van der Spoel" <SPOEL@XRAY.BMC.UU.SE><BR>Sent:2006-09-11 06:51:56<BR>To: "Discussion list for GROMACS users" <GMX-USERS@GROMACS.ORG><BR>Object:Re: [gmx-users] May I use "-b" and "-e" in the cosine con tent calculation of PC?<BR><BR><BR><PRE style="WIDTH: 100%; WORD-WRAP: break-word">Mao-Cai Yan wrote:

&gt; Hi dear friends,

&gt;  

&gt; I just made an essential dynamics of 5ns; I calculated the cosine 

&gt; content of PC1 by using

&gt; g_analyze -f proj5ns.xvg -cc proj5ns_cc.xvg

&gt; it gave: "Cosine content of set 1 with 0.5 periods: 0.749969"

&gt; the value is rather too high.

&gt;  

&gt; However, I found that only trajectory between 3300~3890 ps is useful, so 

&gt; I calculated the cosine content during this period using

&gt; g_analyze -f proj5ns.xvg -cc proj5ns_cc.xvg -b 3300 -e 3890

&gt; and it gave: "Cosine content of set 1 with 0.5 periods: 0.297911"

&gt;  

&gt; I want to know whether the essential dynamics is meaningful? The cosine 

&gt; content of whole 5 ns is relative high, does it mean that the whole 

&gt; trajectory is not meaningful? In another word, is it reasonable to use 

&gt; "-b" and "-e" in the cosine content calculation?

&gt;  

What do you mean only a fraction is useful?

First check for equilibration (energy, rmsd etc.) then do the ED 

sampling after that, for a period that is considerably longer than the 

equilibration, e.g. an order of magnitude.







&gt; Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_new>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A>





-- 

David.

________________________________________________________________________

David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,

Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.

Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden

phone:        46 18 471 4205                fax: 46 18 511 755

spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org   <A href="http://folding.bmc.uu.se/" target=_new>http://folding.bmc.uu.se</A>

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

_______________________________________________

gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org

<A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_new>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 

www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_new>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A>

</PRE><BR><!-- footer --></BLOCKQUOTE><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">邮 箱 积 分,换 易 趣 现 金 购 物 券</font>
        <br>
         <a href="http://adfarm.mediaplex.com/ad/ck/4080-41738-9511-6?cn=netease;textlink0822;pr;mailcoupon&mpro=http://minisite.163.com/2006/0815/ebay/coupon.htm" target="_blank" style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue">30 邮 箱 积 分 = 现 金 30 元 , 50 元 , 99 元   立 刻 兑 换 > >
</a>