<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Sorry for not so explicitly explaining the things.. Here it goes<DIV>I have a nona peptide and I ran a MD of 20ns using OPLS-AA force field. </DIV><DIV>when I used the OPLS-AA the phi angles came out to be -ve for three of the amino acids. which is stericaly not allowed. But when I ran it using GROMOS I found all the phi-psi combinations with a negative phi value distribution. But now I am lost as you have said it works only for GROMOS like force field. Why?</DIV><DIV>and if that so I have got -ve phi distribution for the other phi-psi plots. </DIV><DIV>My other question remained unanswered even now. Is there any way really to judge which force field is to be chosen for particular type of analysis?</DIV><DIV>Best regards </DIV><DIV>Thanks</DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On Sep 14, 2006, at 3:36 PM, David van der Spoel wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Navratna Vajpai wrote:</DIV> <BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi all.. I wrote this mail yesterday. But could not receive any reply till now. So if someone can suggest something about it. That would be nice. Best regards</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Nav</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Begin forwarded message:</DIV> <BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">*From: *Navratna Vajpai &lt;navratna.vajpai@unibas.ch &lt;<A href="mailto:navratna.vajpai@unibas.ch">mailto:navratna.vajpai@unibas.ch</A>&gt;&gt;</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">*Date: *September 13, 2006 10:32:21 AM GMT+02:00</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">*To: *Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">mailto:gmx-users@gromacs.org</A>&gt;&gt;</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">*Subject: **[gmx-users] Hi...*</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">*Reply-To: *Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">mailto:gmx-users@gromacs.org</A>&gt;&gt;</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Dear All</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi.. This is in regard to your previously replied mail regarding the use of GROMOS96 or OPLS-AA or AMBER force field.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">As you said it depends upon the users taste which one to use. This means that the three on a broad manner should give convergence of the analyzed data set. Infact from my simulation runs using oplss-aa and gromos96, I didn't found that. I tried using the GROMOS96 and opls-aa force field on my small peptides for a period of 20ns and found that with opls-aa even the phi-psi combination of the individual amino acids were incorrect. Actually this always puzzled me to make a choice for the Force field.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>The rest of the script was unchanged for the two runs.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Could you please comment on the above results? Is there any way really to judge which force field is to be chosen for particular type of analysis?</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Best regards</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Nav</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV> </BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">what do you mean with incorrect? your question is quite vague.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">the g_rama program works only for GROMOS like force fields unfortunately but that doesn't mean the phi/psi are wrong. What would be the "correct" result anyway? Maybe your peptide unfolds.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">--<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">David.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">________________________________________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Husargatan 3, Box 596,<SPAN class="Apple-converted-space">  <SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN></SPAN>75124 Uppsala, Sweden</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">phone:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>46 18 471 4205<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>fax: 46 18 511 755</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</A><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>spoel@gromacs.org <SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>http://folding.bmc.uu.se</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">gmx-users mailing list<SPAN class="Apple-converted-space">    </SPAN><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Kai; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Kai; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">*******************************************</SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Navratna Vajpai</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Ph. D student in Prof. Grzesiek's laboratory</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Department of Structural Biology</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Biozentrum, University of Basel</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Klingelbergstrasse 70,</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">CH-4056</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Basel, Switzerland.</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">Phone- +41 61 267 2080(O)</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre; font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ; font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ; font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; white-space: pre; ">        </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">       +41 78 744 0810(M)</SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><SPAN class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; "><A href="mailto:navratna.vajpai@unibas.ch">navratna.vajpai@unibas.ch</A></SPAN></SPAN></DIV><DIV style="font-family: Helvetica; "><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>