Based on the essential dynamics analysis, <SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">the similar of the internal fluctuations in may simulation systems <SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">was evaluated by comparing principal subspace <SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">first 10 eigenvectors) of each structural trajectory by using the root mean square inner product(<B style="mso-bidi-font-weight: normal">RMSIP</B>).  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt
 18pt; TEXT-INDENT: -18pt; LINE-HEIGHT: 150%; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 18.0pt"><SPAN lang=EN-US style="mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'"><SPAN style="mso-list: Ignore"><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN lang=EN-US>Amadei, A., de groot, B. L., Ceruso, M. A., Paci, M., Di Nola, A. &amp; Berendsen, H. J. A kinetic model for the internal motions of proteins: diffusion between multiple harmonic wells. Proteins. 1999. 35, 283-292.</SPAN></div></SPAN></SPAN></SPAN><BR><BR><B><I>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</I></B> 写道:  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">xi zhao wrote:<BR>&gt; Dear Gromacs users:<BR>&gt; I am a new gromacs user, I want ro calculate r.m.s.i.p<BR>&gt; for exploring similar in motions of two different<BR>&gt; proteins, I need a script or tools to calculate it. I<BR>&gt; need your
 help!<BR><BR>I don't know what r.m.s.i.p is. If you want to get help, please define<BR>carefully what you are trying to do - even a link to a journal article<BR>might work. Please read carefully the gromacs manual section that<BR>describes what the utility programs do, in case one of them does it.<BR><BR>Mark<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
                <hr size=1><a href="http://cn.mail.yahoo.com/" target=blank> 
雅虎免费邮箱-3.5G容量,20M附件</a>