<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1561" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000><FONT color=#000000>&gt; Hi:<BR>&gt;&nbsp; 
<BR>&gt; Two melt models were built for polyethylene (PE) and <BR>&gt; 
polyvinylmethylether (PVME) melt with PBC condition .<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; The 
density of both melt model agree with experimenal value well.But <BR>&gt; when 
one check the radius of gyration (Rg) of them, both of them were <BR>&gt; too 
small to accept as follows.<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; The Rg for PE (C1000) is just 
28 angstrom. It means the infinite <BR>&gt; charaterastic ratio (Cinf) for the 
polymer is just about 2 which is much <BR>&gt; smaller than scatter experimental 
value about 7.<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; The Rg for PVME (C44) melt is about 6.6 
angstrom. It means the Cinf for <BR>&gt; the polymer is just 2.5 which is much 
smaller than scatter experimental <BR>&gt; value 8-10.<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; 
Can these results be accepted?<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; Is there any fault in 
force field? gromos96a<BR><BR>Usually a garbage result as output means that you 
had either garbage as<BR>input, or garbage for the algorithm. Find a published 
article that<BR>describes a similar simulation and adapt their method 
suitably.<BR>Otherwise describe your method more thoroughly (e.g. how large was 
the<BR>box, what ensemble did you use, equilibration regime, etc.) and 
maybe<BR>someone has some judgement they can share with 
you.<BR><BR>Mark</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000><FONT color=#000000></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG>Hi Mark:</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG>Thanks for your advise. Because 
the PE model is built by one of my officemate, i did not konw its 
details.</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG></STRONG></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG>The cell length about my PVME 
model is 4.5 nm which is big enough for a PVME chain possesses all trans 
conformation. The ensemble is NVT with the control file Pcoupl&nbsp;= no after 
10ns NPT simulation to reach the experimental density. The runtime for NVT is 
5ns from which the relax time for end to end vector is anaylzed. The relax 
time&nbsp; is about 1ns. So i think the system has been relaxed 
enough.</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><STRONG><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5></FONT></STRONG>&nbsp;</DIV>
<DIV><STRONG><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5>Is there any error in my 
process?</FONT></STRONG></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG></STRONG></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG>Maybe the residue parameter for 
PVME is also needed for discuss. They are:</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG></STRONG></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 size=5><STRONG>[ VME ]&nbsp;&nbsp; <BR>[ atoms 
]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
charge&nbsp; cgnr CN&nbsp;&nbsp; Gasteiger&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.142&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CN<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.035&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CN<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp;&nbsp; OE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.352&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CN<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.174&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CN<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>[ bonds 
]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; 
fu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; 
gb_27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 
CAB&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp; 
gb_53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 
CAC&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp; gb_53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 
CAB&nbsp; +CAA&nbsp;&nbsp; gb_27&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>[ angles 
]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, 
...&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp; ga_30&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; ga_10 
<BR>&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; +CAA&nbsp;&nbsp; 
ga_30<BR>&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; +CAA&nbsp;&nbsp; 
ga_15<BR>&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; +CAA&nbsp; +CAB&nbsp;&nbsp; ga_15 
</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#008000 size=5><STRONG></STRONG></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ²><FONT color=#008000 size=5><STRONG>&nbsp;&nbsp; <BR>[ 
dihedrals ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, 
c1, m, ...<BR>&nbsp; CAA&nbsp; CAB&nbsp; OAD&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; 
gd_13<BR>&nbsp; CAA&nbsp; CAB +CAA +CAB&nbsp;&nbsp; gd_34<BR>&nbsp;+CAA&nbsp; 
CAB&nbsp; OAD&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; gd_13<BR>&nbsp;CAB&nbsp; +CAA +CAB 
+OAD&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_1</STRONG></FONT></DIV>
<DIV><BR><FONT color=#008000 size=5><STRONG>&nbsp;</STRONG></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=ΣΧΤ² color=#008000 
size=5><STRONG>*************************************************<BR>Ji 
Qing<BR>Institute of Chemistry, Chinese Academy of Sciences<BR>Tel: 
0086-10-62562894&nbsp; 
£¬82618423<BR>*************************************************</STRONG></FONT></DIV></BODY></HTML>