Hi all,<br><br>I have some questions about the gromacs:<br><br>1. I simualted a pure small molecule system. All the simulation is ok. But when I use g_energy to calculate the energy of bond, angle, lj, and coloumb, it gives the following energy. The energies is much bigger, about 50-100 times bigger than the reported data.&nbsp; What's wrong?
<br><br>Statistics over 5000001 steps [ 0.0000 thru 5000.0000 ps ], 6 data sets<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------
<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2869.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93.6564&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93.6562 0.000137548&nbsp;&nbsp; 0.687742<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7303.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.13 0.000189867&nbsp;&nbsp; 0.949334<br>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3326.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97.6245&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97.6161
 -0.000890977&nbsp;&nbsp; -4.45489<br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7616.62&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.684&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.67 -0.00138166&nbsp;&nbsp; -6.90831<br>Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22763.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.465&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.238 -0.00549019&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27.451<br>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -64743&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
219.54&nbsp;&nbsp;&nbsp; 219.203 -0.00842365&nbsp;&nbsp; -42.1182<br><br>2. I used the &quot;isotropic!!&quot; pressure coupling, but at the end of the .log file (in the average section), it says:<br><br>&nbsp;Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp; -2.64364e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.71622e+01
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00738e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.71622e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.32932e+01&nbsp;&nbsp; -2.49814e+01<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00738e+00&nbsp;&nbsp; -2.49814e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.61609e+01<br><br>The Pxx, Pyy, Pzz are not equal. Why?<br><br clear="all">Sincerely yours,<br>**********************************************
<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529<br>**********************************************