Dear Dr Spoel<br>Thank you for the reply. But I do not quite follow how -noaver does it. <br><br>I want to compute the P-N vector of lipid molecules and average&nbsp; it over the 128 molecules in the bilayer.<br><br>Do I make a group containing the numbers of the P and N molecules in a single group ( 256 atoms) and use g_rotacf with -noaver?<br>&nbsp;<br>Will that compute the rotational correlation of the individual P-N vectors of each lipid molecule and average it over 128 molecules?<br><br>Thanks in advance<br>Regards<br>Rama<br><br><br><b><i>David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> On Fri, 22 Sep 2006, Rama Gullapalli wrote:<br><br>&gt;Hello everybody,<br>&gt;  <br>&gt;  I have nearly 100 different vectors to analyse using g_rotacf. I was  wondering if there was anyway to do this in GROMACS simultaneously  since g_rotacf does not have
 have the -ng option like in g_traj or  others.<br>&gt;  <br><br>-noaver<br><br>&gt;  I would imagine one could use a awk script to run g_rotacf to run a  hundred times, but I am not sure how to go about it. If anyone can  provide me with pointers on that it would be great<br>&gt;  <br>&gt;  Thanks in advance<br>&gt;  Rama<br>&gt;  <br>&gt;   <br>&gt;---------------------------------<br>&gt;Talk is cheap. Use Yahoo! Messenger to make PC-to-Phone calls.  Great rates starting at 1¢/min.<br><br>-- <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,   75124 Uppsala, Sweden<br>phone: 46 18 471 4205  fax: 46 18 511 755<br>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org  
 http://xray.bmc.uu.se/~spoel<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></blockquote><br><p>&#32;
                <hr size=1>Talk is cheap. Use Yahoo! Messenger to make PC-to-Phone calls. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman7/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39666/*http://messenger.yahoo.com"> Great rates starting at 1¢/min.