<HTML><BODY>
<div>&nbsp;</div>

<div>&nbsp;</div>
&nbsp;<br>
-----Original Message-----<br>
From: chris.neale@utoronto.ca<br>
To: gmx-users@gromacs.org<br>
Sent: Wed, 20 Sep 2006 10:28 PM<br>
Subject: [gmx-users] EM problem with OPLS and TIP4P<br>
<br>






<div id="AOLMsgPart_0_84ca9883-88d2-436c-b340-27995d01c17c" class="AOLPlainTextBody">

Try this:&nbsp;<br>

unconstrained_start = no&nbsp;<br>
&nbsp;<br>

Also ensure that your .top file is correct.&nbsp;<br>
&nbsp;<br>

Also take a look at your starting positions, where is MW?&nbsp;<br>
&nbsp;<br>

Also ensure that your waters have the correct order:&nbsp;<br>

eg.&nbsp;<br>

&nbsp; 871SOL     OW 3496   1.935   2.093   1.901&nbsp;<br>

&nbsp; 871SOL    HW1 3497   1.902   2.172   1.945&nbsp;<br>

&nbsp; 871SOL    HW2 3498   1.990   2.126   1.830&nbsp;<br>

&nbsp; 871SOL     MW 3499   1.938   2.107   1.898&nbsp;<br>
<br>
&nbsp;<br>
The problema was here. In my old tip4p.itp file the water sites were in reverse order. I just change the order and it works now.<br>
Thanks.<br>
<br>
<br>

Also try outputting coords for step 20,21,22,23 in the first system and see what is actually happening.&nbsp;<br>
&nbsp;<br>

_______________________________________________&nbsp;<br>

gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users%40gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&nbsp;<br>

<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&nbsp;<br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request%40gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.&nbsp;<br>

Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>&nbsp;<br>


</div>
 <!-- end of AOLMsgPart_0_84ca9883-88d2-436c-b340-27995d01c17c -->


<div class="AOLPromoFooter">
<hr style="margin-top:10px;" />
<a href="http://pr.atwola.com/promoclk/100122638x1081283466x1074645346/aol?redir=http%3A%2F%2Fwww%2Eaim%2Ecom%2Ffun%2Fmail%2F" target="_blank"><b>Check Out the new free AIM(R) Mail</b></a> -- 2 GB of storage and industry-leading spam and email virus protection.<br />
</div>

</BODY></HTML>