Hi Mark,<br><br><div><span class="gmail_quote">2006/9/22, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Qiao Baofu wrote:<br><br>What is this &quot;reported data&quot;?</blockquote><div><br><br>The reported data&nbsp; are (KJ/mol) : Bond&nbsp; 27; &nbsp;&nbsp; Angle: 30;&nbsp; LJ: -27;&nbsp;&nbsp; electrostatic -530.<br><br>Some days ago, I&nbsp; run again in gromacs but&nbsp; using all the &quot;reported&quot; force-field parameters. In the end, I get the similar result as listed in the first letter.&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<br><br>Have someone compared the energy of gromacs with other software? <br><br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">&gt; Statistics over 5000001 steps [ 
0.0000 thru 5000.0000 ps ], 6 data sets<br>&gt;<br>&gt; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Drift<br>&gt; Tot-Drift<br>&gt; -------------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2869.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;93.6564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;93.6562 0.000137548<br>&gt; 0.687742<br>&gt; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7303.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.13 0.000189867<br>&gt; 0.949334<br>&gt; Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3326.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;97.6245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;97.6161 -0.000890977&nbsp;&nbsp; -4.45489<br>&gt; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7616.62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;138.684&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.67 -0.00138166<br>&gt; -6.90831<br>&gt; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-22763.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;138.465&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;138.238 -0.00549019&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-
27.451<br>&gt; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-64743&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 219.54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;219.203 -0.00842365<br>&gt; -42.1182<br>&gt;<br>&gt; 2. I used the &quot;isotropic!!&quot; pressure coupling, but at the end of the<br>&gt; .log file (in the average section), it says:
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;Pressure (bar)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-2.64364e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.71622e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00738e+00<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.71622e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.32932e+01&nbsp;&nbsp; -2.49814e+01<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00738e+00&nbsp;&nbsp; -2.49814e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.61609e+01<br>&gt;<br>&gt; The Pxx, Pyy, Pzz are not equal. Why?
<br><br>What is the geometry of your system?</blockquote><div><br>It is imidazolium-based material.<br><br><br>PS: The following processes are used: <br>&nbsp;&nbsp; 1. md1: NTV (nose-hoover for T coupling) 300ps<br>&nbsp;&nbsp; 2. md2:&nbsp; NTP (Berendsen for T &amp; P coupling)&nbsp; T=425K, P=1bar, 500ps, tau_p=1  
<br>&nbsp;&nbsp; 3.&nbsp; in md3.mdp:&nbsp; gen_temp&nbsp; = no &nbsp;&nbsp; &nbsp; unconstrained-start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp -e md2.edr&nbsp; -f md3.mdp&nbsp; -c md2.gro -p -o <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md3: NTP (nose-hoover for T coupling &amp; Parrillo-rahman for P coupling) T=425K, P=1bar, 3000ps, tau_p=4
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4. collect data.<br><br>g_energy<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp; Pressure-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.75443&nbsp;&nbsp;&nbsp; 931.231&nbsp;&nbsp;&nbsp; 931.227 -0.00331938&nbsp;&nbsp; -9.95814<br><br>In md3.log<br>&nbsp;&nbsp; Pressure (bar)<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 3.37452e+01&nbsp;&nbsp; -1.01961e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.77413e+01<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; -1.01961e+02&nbsp;&nbsp; -7.66155e+00&nbsp;&nbsp; -4.13047e+01<br>&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 1.77413e+01&nbsp;&nbsp; -4.13047e+01
&nbsp;&nbsp; -2.08203e+01<br><br>Even though I used the Berendsen P coupling to relax the pressure firstly, and then use the Parrilo-rahman, the  final result of pressure deviates much from what I want!&nbsp; After md2 and md3, I both used g_velacc to check the velocity-corelation function. 
<br><br><br>Who has such experience? How to solve it?<br><br> </div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Mark<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany TEL:+49-69-7984-7529
<br>**********************************************