Thanks, but when ever I used ACDsee to visualize the generated hbmap.xpm, I've got nothing, and ACDsee keeps on telling me that &quot;Bad or unrecognized image header&quot;.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/30/06, 
<b class="gmail_sendername">Erik Marklund</b> &lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>----- Original Message -----<br>From: &quot;Mark Abraham&quot; &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Sent: Friday, September 29, 2006 1:28 AM<br>Subject: Re: [gmx-users] HBond frequency<br><br><br>&gt; liu xin wrote:<br>&gt;&gt; Hello GMX users:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Just a quick question: how can I get the frequency of each HBond?
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;From hbond.ndx we can get a list of hbonds, e.g. hbonds between protein<br>&gt;&gt; and drug, if I want to check the frequency of each hbond between the two<br>&gt;&gt; components respectively, how can I realize it?
<br>&gt;<br>&gt; man g_hbond and look for -xbm<br><br>Almost. -hbm is the flag you would want to use.<br><br>/Erik<br><br>&gt;<br>&gt; Mark<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www
<br>&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br>&gt;<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>