Dear Simulators, <br><br>Do the numbers in the cgnr column necessarily need to be in ascending order? I have a topology of a molecule and would like to acetylate some residues, whose atoms numbers (and charge group numbers) are in the middle of the pack . I have added the atoms I need to add at the end of the [atoms] directive. The new charge groups include some of the new and old atoms, to ensure integer charge values.&nbsp; However, this means the cgnrs are not ascending any more. Is this allowed?
<br><br>e.g. <br><br>[atoms]<br>nr ................cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge<br>1 &nbsp; ................ 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.3333 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ................1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.6666 <br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp; ................2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000<br>
4&nbsp;&nbsp;&nbsp; ................3 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5000 &nbsp;  <br>.........................<br>.........................<br>302 ..............1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.333333<br><br><br>Thanks in advance.<br><br>Stephanie<br><br><br><br>