Hi, all:<br>I'm trying to run a simulation on DOPC bilayer, I've downloaded the pdb file of DOPC from Dr. Scott Feller's website. <br>Currently my questions are:<br>1. how to delete those hydrogens. When I use pdb2gmx, it complains residue &quot;OLE&quot; not found;
<br>2. how to make the topology file, dopc.itp. I know there's PRODRG, but not sure how to use it properly. It seems that one has to make some modifications to the .itp file produced by it, and I don't know how to do that.
<br>Thank you in advance.<br>Jian<br>