Hi Gmx-users,<br>i am facing this problem i really don;t get it. i am trying to&nbsp; compare the&nbsp; rmsd&nbsp; of&nbsp; two strucures&nbsp; and when i&nbsp; use&nbsp; g_confrms_ d i&nbsp; the following&nbsp; options for the two structures<br>

<table style="border: medium none ; border-collapse: collapse;" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0">
 <tbody><tr>
  <td style="border: 1pt solid windowtext; padding: 0in 5.4pt; width: 221.4pt;" valign="top" width="295">
  <p><span style="font-size: 10pt;">Group &nbsp; &nbsp; 0 (
  &nbsp; &nbsp; &nbsp;System) has &nbsp;4276 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 1 ( &nbsp; &nbsp; Protein) has &nbsp;4276 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 2 ( &nbsp; Protein-H) has &nbsp;3260 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 3 ( &nbsp; &nbsp; C-alpha) has &nbsp; 388 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 4 ( &nbsp; &nbsp;Backbone) has &nbsp;1164 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 5 ( &nbsp; MainChain) has &nbsp;1556 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 6 (MainChain+Cb) has &nbsp;1932 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 7 ( MainChain+H) has &nbsp;1932 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 8 ( &nbsp; SideChain) has &nbsp;2344 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 9 ( SideChain-H) has &nbsp;1704 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;10 ( &nbsp; &nbsp; Protein) has &nbsp;4276 elements</span></p>
  </td>
  <td style="border-style: solid solid solid none; border-color: windowtext windowtext windowtext -moz-use-text-color; border-width: 1pt 1pt 1pt medium; padding: 0in 5.4pt; width: 221.4pt;" valign="top" width="295">
  <p><span style="font-size: 10pt;">Group &nbsp; &nbsp; 0 (
  &nbsp; &nbsp; &nbsp;System) has &nbsp;1198 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 1 ( &nbsp; &nbsp; Protein) has &nbsp;1053 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 2 ( &nbsp; Protein-H) has &nbsp; 802 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 3 ( &nbsp; &nbsp; C-alpha) has &nbsp; &nbsp;96 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 4 ( &nbsp; &nbsp;Backbone) has &nbsp; 288 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 5 ( &nbsp; MainChain) has &nbsp; 385 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 6 (MainChain+Cb) has &nbsp; 478 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 7 ( MainChain+H) has &nbsp; 478 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 8 ( &nbsp; SideChain) has &nbsp; 575 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp; 9 ( SideChain-H) has &nbsp; 417 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;10 ( Prot-Masses) has &nbsp;1053 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;11 ( Non-Protein) has &nbsp; 145 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;12 ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NA) has &nbsp;
  &nbsp; 1 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;13 ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HOH) has &nbsp; 144
  elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;14 ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; Other) has &nbsp; 145 elements<br>
  Group &nbsp; &nbsp;15 ( &nbsp; &nbsp; Protein) has &nbsp;1053 elements</span></p>
  </td>
 </tr>
</tbody></table>

<p>i am able to calculate all options however for the &quot;C-alpha&quot; it keeps on giving me an error and the error is&nbsp; &quot;You selected groups with different number of atoms.&quot; <br></p>if you look at all other options also have different number of atoms, so howcome i don;t get this error message in other options. is there really problem here or i am missing something. pzl help thanks.
<br><br>Arindam Ganguly<br><p><br></p>

<br><br><br><br><br>