
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.28">

<TITLE>no coordinates in .top file</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->

<BR>


<P><FONT SIZE=2>Fellow gmx users,<BR>

<BR>

I made a tolopgy file for TFE in water&nbsp; by &quot;hand&quot; for the OPLSAA/L force field to be used in a simulation containing a mixed solvent.&nbsp; I made a similar TFE.itp file and included it in the mixed solvent topology file.&nbsp; when I ran grompp before equilibrating the system I received an error message that read:<BR>

<BR>

-------------------------------------------------------<BR>

Program grompp, VERSION 3.3.1<BR>

Source code file: grompp.c, line: 448<BR>

<BR>

Fatal error:<BR>

number of coordinates in coordinate file (tfe.gro, 9)<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (tfe_mike.top, 0)<BR>

-------------------------------------------------------<BR>

<BR>

Do you know why my topology file contains zero coordinates?&nbsp; My topology file is pasted below:<BR>

<BR>

#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<BR>

<BR>

[ moleculetype ]<BR>

; Name&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>

TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>

<BR>

[ atoms ]<BR>

;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;&nbsp; residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge<BR>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.797<BR>

&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.285<BR>

&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.280<BR>

&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.278<BR>

&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.033<BR>

&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.479<BR>

&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_163&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.292<BR>

&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.133<BR>

&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.132<BR>

<BR>

[ bonds ]<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.13570&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 351456.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.13570&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 351456.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.13570&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 351456.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.15100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 292880.0<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.13640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 376560.0<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.09450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 462750.4<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 284512.0<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.10900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 284512.0<BR>

<BR>

[ pairs ]<BR>

<BR>

<BR>

[ angles ]<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp; 418.4&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp; 418.4<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp; 418.4<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 110.7&nbsp;&nbsp; 313.8<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp; 418.4<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 110.7&nbsp;&nbsp; 313.8<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.5&nbsp;&nbsp; 460.24&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 107.8&nbsp;&nbsp; 276.144<BR>

<BR>

[ dihedrals ]<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.12968&nbsp; 3.38904&nbsp; 0.00000 -4.51872 0.0000 0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.12968&nbsp; 3.38904&nbsp; 0.00000 -4.51872 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.12968&nbsp; 3.38904&nbsp; 0.00000 -4.51872 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.26778 -9.36798&nbsp; 9.10020&nbsp; 0.00000 0.0000 0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 1.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 1.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 0.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 0.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 0.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65689&nbsp; 0.97066&nbsp; 0.00000 -2.62755 0.0000 0.0000<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

[ dihedrals ]<BR>

<BR>

; Include Position restraint file<BR>

#ifdef POSRES<BR>

#include &quot;posre.itp&quot;<BR>

#endif<BR>

<BR>

; Include water topology<BR>

#include &quot;tip4p.itp&quot;<BR>

<BR>

#ifdef POSRES_WATER<BR>

; Position restraint for each water oxygen<BR>

[ position_restraints ]<BR>

;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<BR>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

<BR>

; Include generic topology for ions<BR>

#include &quot;ions.itp&quot;<BR>

<BR>

#include &quot;tfe_mike.itp&quot;<BR>

<BR>

[ system ]<BR>

30% TFE in water<BR>

<BR>

[ molecules ]<BR>

; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>

TFE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<BR>

SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128<BR>

<BR>

<BR>

<BR>

Thanks in advance for your assistance,<BR>

<BR>

Michael Owen</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>