<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.28">
<TITLE>mixed solvent minimization</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hello Gromacs Users,<BR>
<BR>
I am trying to equilibrate a box that contains TFE and TIP4P water molecules using the OPLSAA/L force field.&nbsp; The system converged several times using the steepest descent method, but each time I attempted a full simulation I received the following error mesage:<BR>
<BR>
<BR>
Constraint error in algorithm Shake at step 0<BR>
Long Range LJ corr.: &lt;C6&gt; 2.2606e-04<BR>
Long Range LJ corr.: Epot&nbsp;&nbsp; -57.2339, Pres:&nbsp;&nbsp; -325.923, Vir:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57.2339<BR>
<BR>
<BR>
I further equilibrated the system using a conjugate gradient, with the parameters described in the input pasted below:<BR>
<BR>
<BR>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User mowen<BR>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Oct 11 14:30, 2006<BR>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<BR>
;<BR>
define&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE<BR>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>
constraint_algorithm = Shake<BR>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cg<BR>
unconstrained_start =&nbsp; no<BR>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000<BR>
;<BR>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<BR>
;<BR>
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.05<BR>
emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>
nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>
;deltagrid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2<BR>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.85<BR>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.85<BR>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.85<BR>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>
Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>
lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
<BR>
grompp did not recognize &quot;nsctgsteep&quot; so I used the default value (1000) and used 5000 steps for the equilibration.&nbsp; However, the minimization ended in error with the following message:<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
Back Off! I just backed up traj.trr to ./#traj.trr.1#<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
Program mdrun, VERSION 3.3.1<BR>
Source code file: nsgrid.c, line: 226<BR>
<BR>
Range checking error:<BR>
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<BR>
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<BR>
errors that give particles very high velocities you might end up with some<BR>
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<BR>
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<BR>
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<BR>
energy seems reasonable before trying again.<BR>
<BR>
Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 64 ]<BR>
Please report this to the mailing list (gmx-users@gromacs.org)<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
<BR>
<BR>
Do you have any suggestions that can solve this problem?&nbsp;<BR>
<BR>
Thank you in advance,<BR>
<BR>
Michael Owen</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>