
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Mark,<DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 11, 2006, at 7:57 AM, Mark Abraham wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Mostly correct - non-CHARMM TIP3P has LJ on the oxygen. However, the decision about which code to use is made on-the-fly by mdrun. If the molecule matches the pattern of a water molecule and only has LJ parameters on the oxygen then the optimized inner loops are used for water-nonwater and water-water interactions. The optimization, obviously, omits calculating LJ interactions with hydrogens.</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">You can see what is happening by looking at the accounting at the end of .log files... lines like "Coul(T) + LJ [W3-W3]" indicate the time spent calling the innerloop routine that does coulomb lookups on a table, computes LJ and does so for water-water interactions. If the description of CHARMM TIP3P water is correct, you should see no lines with the [W3] indicators, and thus the LJ terms are being treated correctly.</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">As an aside, I did develop assembly innerloops for CHARMM TIP3P water for x86 some time back and posted here. My main compute platform isn't x86 though, so I've not used them in anger. See discussions back in Feb and March this year on gmx-developers.</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV><DIV>I've thought about that too, and will enable some sort of similarly optimized assembly loops on all architectures when I have time. To tell the truth, my main reason isn't the charm "mutation" of Jorgensen's water but the abundance of CH2/CH3 groups in lipid chains. The main problem is that there are quite a few more combinations (CH2-Water, CH2-CH3, CH3-water, etc), so I likely won't optimize them quite as hard for a specific case (when we do strict water-water interactions we don't even look up charges or LJ parameters), but it should help charmm TIP3p too.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></BODY></HTML>