Hi all, I want to calculate the shear viscosity of a small molecule pure fluid.&nbsp; Therefore, I run some non-equilibrate MD. But I don't know what values should be given to &quot;accelerate&quot; and &quot;cos-acceleration&quot;.

Please see my results below. I found that: 1.&nbsp; with the &quot;cos-acceleration&quot; decreasing, 1/viscosity decrease almost continuously, and the rmsd increase. 2.&nbsp; The value of &quot;accelerate&quot; doesn't affect 1/viscosity greatly.

<br>Thus &quot;accelerate=0.1&quot; is acceptable, but how about the &quot;cos-acceleration&quot;?<br><br>Who has such experience? Can you give me some suggestions? Thanks in advances!<br><br><br>1. md4<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.1&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.170636&nbsp; 0.0329107&nbsp; 0.0328585 -6.414e-06&nbsp; -0.006414<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 944.025&nbsp;&nbsp;&nbsp; 183.219&nbsp;&nbsp;&nbsp; 182.931 -0.0355854&nbsp;&nbsp; -35.5855<br><br>2. md5<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1

&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0323069&nbsp; 0.0181729&nbsp; 0.0180577 7.07857e-06 0.00707858<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 294.808&nbsp;&nbsp;&nbsp; 165.922&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164.855&nbsp; 0.0650939&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65.094<br><br>3. md6<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1

&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00130712&nbsp; 0.0156865&nbsp; 0.0156829 -1.16341e-06 -0.00116341<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.5201&nbsp;&nbsp;&nbsp; 426.066&nbsp;&nbsp;&nbsp; 425.967 -0.0316935&nbsp;&nbsp; -31.6935<br><br>4. md9<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.1&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.05<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000350432&nbsp; 0.0149682&nbsp; 0.0149682 -7.67601e-08 -7.67602e-05<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.0263&nbsp;&nbsp;&nbsp; 812.332&nbsp;&nbsp;&nbsp; 812.331 -0.00409487&nbsp;&nbsp; -4.09487<br><br>5. md10<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.1&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------------- 

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000121789&nbsp; 0.0152012&nbsp; 0.0152012&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.0229&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4123.09&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4123.09 -0.00116304&nbsp;&nbsp; -1.16304<br><br>6. md11<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.1&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.005<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.23371e-05&nbsp; 0.0153689&nbsp; 0.0153689 1.35182e-07 0.000135182<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22.9384&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8335.83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8335.8&nbsp; 0.0741577&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74.1578<br><br>***************************************************************************************************************

<br>7. md7<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3&nbsp; 0&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00107554&nbsp; 0.0153412&nbsp;&nbsp; 0.015341 -2.26469e-07 -0.000226469<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.1877&nbsp;&nbsp;&nbsp; 416.411&nbsp;&nbsp;&nbsp; 416.407 -0.00612827&nbsp;&nbsp; -6.12828<br><br>8. md8<br>#accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.5&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5&nbsp; 0&nbsp; 0<br>#cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>&nbsp;&nbsp; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------

<br>&nbsp;&nbsp; 2CosZ*Vel-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0011791&nbsp;&nbsp; 0.014806&nbsp; 0.0148055 -4.10365e-07 -0.000410365<br>&nbsp;&nbsp; 1/Viscosity-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.0258&nbsp;&nbsp;&nbsp; 402.128&nbsp;&nbsp;&nbsp; 402.115 -0.0110667&nbsp;&nbsp; -11.0667<br><br><br>