<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2963" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>Hello,<?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>I want to find a best (or stable) 
conformation for one molecular in water. </SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">First, I 
built many conformation</SPAN><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-fareast-font-family: 新細明體; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">s</SPAN><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"> for my 
molecular. Then, I run MD to get</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">local 
minima</SPAN><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">. I want 
to know <SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">the free energy difference 
</SPAN>for all conformation</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">in 
molecular. If one conformation had lowest free energy <SPAN 
style="mso-bidi-font-style: italic">difference</SPAN>, I think 
</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">it is 
better than other</SPAN><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-fareast-font-family: 新細明體; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">s</SPAN><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">.</SPAN><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm -7.7pt 0pt 0cm; mso-para-margin-right: -.64gd"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>Now I want to know <SPAN 
style="mso-bidi-font-style: italic">the free energy difference </SPAN>between 
conformation N and </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm -7.7pt 0pt 0cm; mso-para-margin-right: -.64gd"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>conformation A.</FONT></SPAN><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>(N = A, B, C …, etc). Compare the results.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>I don’t know how to do this 
work.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><o:p><FONT 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>Thanks in advance for your help,<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-fareast-font-family: 新細明體; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><o:p><FONT 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><o:p><FONT 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>MLYu <o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT size=3><?xml:namespace 
prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:place 
w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'">Nation</SPAN></st1:PlaceName><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"> 
<st1:PlaceName w:st="on">Taiwan</st1:PlaceName> <st1:PlaceType 
w:st="on">University , Chemistry </st1:PlaceType></SPAN></st1:place><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><A 
href="mailto:mlyu@rs350.ch.ntu.edu.tw"><FONT 
size=3>mlyu@rs350.ch.ntu.edu.tw</FONT></A><o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-FAMILY: Batang; mso-bidi-font-family: 'Arial Unicode MS'"><FONT 
size=3>tel : 
886-2-33661168<o:p></o:p></FONT></SPAN></P></FONT></DIV></BODY></HTML>